La Lindi prend source dans le centre du Nord-Kivu. Elle traverse le parc national de la Maiko et coule vers le nord, et sert de frontière entre les provinces du Nord-Kivu et Orientale avant d’arriver à Bafwasende où elle est traversée par la route nationale 4. Elle coule ensuite principalement vers l’est, avant de redescendre vers le sud où elle est rejointe par la Tshopo à quelques kilomètres d’où elle se jette dans le fleuve Congo près de Kisangani.