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Juliette Boutonier est fille d'instituteurs du pays grassois. Elle fait ses études secondaires à Nice, puis étudie la philosophie à la Sorbonne, obtenant l'agrégation en 1926. Elle est professeure de philosophie à Chartres, puis à Dijon, tout en entreprenant des études de médecine. Elle est ensuite nommée à Paris, en 1935, où elle rencontre Daniel Lagache et entreprend une analyse avec René Laforgue. Elle soutient en 1938 sa thèse de médecine, intitulée La Notion d'ambivalence[1]. Elle soutient en 1945 une thèse d'État de philosophie, sous la direction de Gaston Bachelard, intitulée L'Angoisse, qu'elle publie en 1963 aux Presses universitaires de France[2].
Elle est attachée au CNRS, se forme à l'hôpital Sainte-Anne en clinique psychopathologique et adhère à la Société psychanalytique de Paris en 1946. Elle participe, avec Georges Mauco, à la fondation du Centre psychopédagogique Claude-Bernard, un centre de soins pour les enfants en difficulté scolaire, dont elle prend la direction médicale.
Elle mène une carrière universitaire qui la conduit à devenir professeur de psychologie à l'université de Strasbourg, où elle prend la succession de Daniel Lagache. En 1955, elle obtient la chaire de psychologie générale à l'université de Paris, tandis que Didier Anzieu lui succède à Strasbourg. Elle contribue à faire reconnaître la psychologie clinique comme l'une des sous-disciplines de la psychologie et contribue, avec Pierre Fédida, Jacques Gagey et Claude Prévost, à faire reconnaître le titre de psychologue clinicien, en soutenant la création d'un cursus de psychologie clinique à l'université Paris VII. Elle crée le premier laboratoire de psychologie clinique à la Sorbonne, et le dirige jusqu'en 1974, lorsqu'elle prend sa retraite.
Elle a notamment théorisé l'entretien clinique, et ses dimensions phénoménologiques : d'une part, la dimension existentielle, c'est-à-dire sur la dimension intersubjective de la relation entre le psychologue et son patient ; d'autre part, la dimension d'implication, c'est-à-dire, lors d'un entretien clinique et psychologique, la dimension de l'implication des deux interlocuteurs dans cette relation intersubjective.
En 1952, Juliette Favez-Boutonier intervient en faveur de Margaret Clark-Williams lors de son procès, alors que l'Ordre des médecins est partie civile, soutenant que la psychanalyse est une technique psychologique qui peut être exercée par des non-médecins.
Bernard Golse, « Favez-Boutonier, Juliette », p. 587-588, in Alain de Mijolla (dir.) Dictionnaire international de la psychanalyse 1. A/L. Paris, Calmann-Lévy, 2002 (ISBN2-7021-2530-1).
Alain de Mijolla, La Psychanalyse en France (1893-1965), in R. Jaccard (dir.) Histoire de la psychanalyse, vol. 2, p. 5-118, Paris, Hachette, 1982.