Jules Chanoine naît au domicile de ses parents, au 25 rue Berbisey, et est le fils de Sulpice Jules Chanoine, procureur du Roi au tribunal de première instance de Dijon (il finit sa carrière en tant que conseiller à la Cour d'appel de Dijon, chevalier de la Légion d'honneur) et de Marie Flore André son épouse. Il est le petit-fils d'un officier de cavalerie sous le Premier Empire et neveu de l'ingénieur Jacques Henri Chanoine. Il est issu de la famille fondatrice de la maison de champagne Chanoine Frères.
En 1870 à Paris, il épouse Marguerite Frossard, fille du général Charles Auguste Frossard, gouverneur du prince impérial (fils de l'empereur Napoléon III). Il a de cette union trois fils, tous élèves à l’École de Saint-Cyr, dont le capitaine Julien Chanoine et le général Jacques Chanoine, et trois filles (Henriette, Germaine et Madeleine).
Carrière militaire
Entré à l’École de Saint-Cyr à 16 ans et demi, il en sort dans le corps d’état-major puis, à la suppression de ce dernier en 1880, passe dans la cavalerie.
Attaché militaire à Saint-Pétersbourg puis à Pékin, commandant la 1re division d’infanterie, il reste très longtemps général de brigade (près de huit ans), pénalisé par le classement de l’arme de la cavalerie alors qu’il exerce un commandement d’infanterie.
Carrière politique
Passé général de division, il est l’un des éphémères ministres de la Guerre (de septembre à ) du cabinet d'Henri Brisson pendant l’affaire Dreyfus. Pendant le procès de Rennes lié à cette affaire (où il témoigne pour l'accusation), en août et septembre 1899, il apprend par la presse les nouvelles des massacres commis par la mission Voulet-Chanoine en Afrique. C'est une expédition militaire dont son fils Julien Chanoine est le commandant en second. Il apprend aussi la mort de son fils tué par sa propre troupe coloniale. Il va se battre ensuite pour tenter de cerner les circonstances de cette mort, se heurtant à l'administration militaire qui cherche essentiellement à protéger l'honneur de l'armée[2].
Sa démission de son ministère, sans avertissement, à la tribune de la Chambre le , provoque la chute du gouvernement le 26 octobre 1899[3]. À la suite de quoi le général Chanoine occupe plusieurs emplois et missions jusqu'à sa retraite en 1900.