Pendant six ans, de 1965 à 1971, il est directeur et professeur au grand séminaire de Nantes, où il enseigne la théologie fondamentale. En 1971, il est nommé directeur au Séminaire des Carmes, séminaire de l’Institut catholique de Paris et devient professeur à la faculté de théologie du même institut dont il sera le doyen de 1988 à 1994. Il y enseigne la christologie et la théologie des religions, et favorise, durant son rectorat, la création de l’Institut des Arts sacrés devenu, depuis, Institut supérieur de théologie des arts. Il est ensuite directeur du département de la recherche de l’Institut catholique de Paris de 1994 à 1997.
Depuis 1991, Joseph Doré est membre de l’Académie internationale des sciences religieuses à Bruxelles qu’il préside de 1993 à 1999.
Joseph Doré et son successeur, Jean-Pierre Grallet à Strasbourg le 11 février 2014.
Joseph Doré démissionne pour raison de santé le [2]. Il reste administrateur apostolique de l'archidiocèse de Strasbourg jusqu'au . Il fait officiellement ses adieux au diocèse le . Le , Benoît XVI nomme à sa suite Jean-Pierre Grallet.
