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John William O'Malley s'est spécialisé dans l'histoire de l'art et de la culture religieuse en Europe et particulièrement en Italie. Il a reçu de nombreux prix parmi lesquels : American Historical Association, American Philosophical Society, Sixteenth Century Studies Conference. Il est président émérite de la Renaissance Society of America et de l'American Catholic Historical Association.
John W. O'Malley a été élu en 1995 à l'American Academy of Arts and Sciences, en 1997 à l'American Philosophical Society et en 2001 à l'Accademia di San Carlo, Bibliothèque ambrosienne, (Milan). Il a reçu la Johannes Quasten Medal de la Catholic University of America. En 2002, il a été lauréat du grand prix de la Society for Italian Historical Studies et en 2005 de celui de la Renaissance Society of America.