Il a fondé le centre de sciences cognitives et d'épistémologie de l'École polytechnique (CREA) en 1982 avec Jean-Marie Domenach sur la base de réflexions préliminaires de Jean Ullmo[1]. Ce centre est devenu une unité mixte de recherche (UMR) en 1987. Dès l'origine, sa vocation a été double et a concerné aussi bien la modélisation en sciences humaines (modèles d'auto-organisation de systèmes complexes tant cognitifs, qu'économiques et sociaux) que la philosophie des sciences et, en particulier, l'épistémologie des sciences cognitives[3].
Il se définit comme « extrémiste rationaliste » et avance :
« Je ne suis pas un intellectuel chrétien, mais un chrétien intellectuel. Le christianisme est une science beaucoup plus qu'une religion[1]. »
Jean-Pierre Dupuy s'est intéressé aux risques d'effondrements environnementaux et sociétaux, notamment avec son livre Pour un catastrophisme éclairé : quand l’impossible est certain (2002). Il propose d’« annoncer un avenir destinal qui superposerait l’occurrence de la catastrophe, pour qu’elle puisse faire office de dissuasion, et sa non-occurrence, pour préserver l’espoir. » Il oppose cette indétermination de la catastrophe à la conviction d’Yves Cochet qui juge cette catastrophe certaine[4].
« L'individu libéral, cet inconnu : d'Adam Smith à Friedrich Hayek », dans Catherine Audard, Jean-Pierre Dupuy et René Sève (éd.), Individu et Justice sociale. Autour de John Rawls, Paris, Seuil, 1988, p. 73-125.
« Friedrich Hayek ou la justice noyée dans la complexité sociale », dans Le Sacrifice et l'Envie. Le libéralisme aux prises avec la justice sociale, Paris, Calmann-Lévy, 1992, chap. VIII (p. 241-292) ; rééd. sous le titre Libéralisme et justice sociale, Hachette coll. « Pluriel » (ISBN978-2-01-270516-6)
↑Dominique de Gramont, Le Christianisme est un transhumanisme, Paris, Éditions du Cerf, , 365 p. (ISBN978-2-204-11217-8), chap. 1 (« À la recherche du transhumain »). Dans La Marque du Sacré, Jean-Pierre Dupuy affirme :
« la pensée transhumaniste est résolument moniste, mais non réductionniste. »