Arrivé au début de la saison 2006-2007 au Rugby club toulonnais, il est nommé entraîneur des avants du club le et officie comme entraîneur-joueur pour le reste de la saison. Il prend sa retraite en 2007 et reste au club en tant qu'entraîneur des avants aux côtés de Martial Cottin et sous l'œil de Tana Umaga nommé manager général.
Sa carrière internationale reste marquée par une expulsion lors du match disputé le par le XV de France contre la Nouvelle-Zélande à Wellington et remporté sur le score sans appel de 57 à 7 par les All Blacks : rentré en jeu à la soixante-treizième minute pour remplacer Christian Califano, Jean-Jacques Crenca est expulsé au bout de cinq minutes pour avoir marché sur l'épaule d'un joueur néo-zélandais. Cette expulsion lui a certainement couté sa place à la Coupe du Monde, Cédric Soulette lui étant préféré.
Il ne retrouvera l'équipe de France que 2 ans plus tard, sur une victoire face à l'Afrique du Sud. Il reconquiert alors une place de titulaire, qui lui permettra de gagner un grand chelem dans le Tournoi des VI Nations de 2002, et de participer à la Coupe du Monde 2003 à l'issue de laquelle il sera élu meilleur pilier gauche du monde par le journal l'équipe. Sa carrière internationale s'arrêtera sur un second grand chelem, obtenu celui-ci comme remplaçant, en 2004.
Il aura marqué mondialement son poste de pilier gauche en alliant la solidité du pilier traditionnel et la mobilité du pilier moderne.
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