Il se constitua rapidement une belle clientèle privée qui lui permit de s'enrichir de manière importante. En 1767, Robert Jannel, intendant général des Postes et Relais de France, le nomma architecte de l'hôtel des Postes.
En 1769, il reçut la commande de la nouvelle École de Chirurgie construite sur la suggestion du chirurgien du Roi Germain Pichault de la Martinière (1771-1786). Le bâtiment affecte la forme d'un hôtel particulier. La cour est entourée d'une colonnade ionique et séparée de l'actuelle rue de l'École-de-Médecine par des colonnes, organisation qui produisit une grande impression sur les contemporains par l'absence des éléments traditionnels de composition tels que les pavillons d'angle ou l'avant-corps. Une rangée de colonnes ioniques sur des piédestaux court le long de l'élévation au niveau du sol, soutenant un entablement parfaitement rectiligne, dépourvu d'architrave. Au centre les colonnes, doublées en profondeur, ménagent un passage qui donne accès à la cour. À chaque extrémité, le rez-de-chaussée est percé de trois baies en plein cintre, ponctuées par les colonnes ; le premier étage est pourvu de fenêtres rectangulaires, à l'exception des trois travées centrales qui comportent un panneau oblong orné d'un décor sculpté. Dans la cour, entourée de galeries basses ceinturées de colonnades, se trouve l'amphithéâtre d'anatomie de 1500 places, couvert d'une coupole et éclairé par un oculus, exemple archétypal du style néo-antique. On trouve également de part et d'autre d'autres salles de cours, un laboratoire, une chapelle, une salle de soutenance de thèses, une bibliothèque au premier étage.
Bien que ce bâtiment parût alors s'écarter de nombre de règles canoniques de l'architecture classique, il fut extrêmement admiré, à la fois par les professionnels et par le grand public, pour ce qui fut perçu comme une simplicité à l'Antique et le jeu de la subtilité des proportions et de volumes vigoureux. Quatremère de Quincy le qualifia de « bâtiment le plus classique du XVIIIe siècle ». Le bâtiment, inspiré de projets donnés antérieurement par des architectes qui avaient fait le séjour de Rome, mais le premier à être réalisé dans ce style, fut considéré comme une sorte de manifeste du néo-classicisme.
Au départ, l'architecte avait proposé d'inclure l'école dans un aménagement urbain d'ensemble, qui prévoyait de transformer le couvent des Cordeliers situé en face en prison pour dettes, avec un mur ponctué de fenêtres aveugles, et d'ajouter un imposant portique dorique à l'église Saint-Côme adjacente. Le plan ne fut pas exécuté, en grande partie en raison du refus des Franciscains de céder leur bâtiment.
En décembre 1775, il fut autorisé à accompagner Fontanieu lors d'un voyage d'un an en Italie. À son retour, il dessina le maître-autel de la cathédrale de Noyon. À partir de 1780, il se constitua un beau domaine à Dammarie-lès-Lys, près de Melun, le château des Vives Eaux, où il se retira sous la Révolution française, se faisant passer pour un simple jardinier pour échapper à la tourmente.
En 1795, il fut nommé à l'Institut de France au moment de sa création, l'un des six architectes de la classe des Beaux-Arts, et fit partie du Conseil des bâtiments civils. C'est à ce titre qu'il eut à connaître des projets d'érection d'une colonne départementale place Vendôme et d'une colonne nationale place de la Concorde. Seule la première vit le jour en 1806.
En 1804, lors de la création de la Maison de l'Empereur, Gondouin fit partie du Comité consultatif des bâtiments de la Couronne. C'est à ce titre qu'il présenta en 1807 un projet (non réalisé) pour l'installation de Napoléon Ier à Versailles.
En 1806, il aménagea la place face à l'École de Chirurgie avec une fontaine monumentale (détruite) composée d'un bassin et de quatre colonnes doriques supportant une terrasse.
Description des Écoles de Chirurgie, Paris, Pierres, Cellot et Jombert, 1780, gr. in-folio de 18 pp.ch., 1 f.n.ch., 1 front. par Gibelin et 30 pl. la plupart dépl. par C.R.G. Poulleau. Tiré à 100 ex. sur papier fort à l'occasion de l'inauguration de l'École de Chirurgie.
Bibliographie
Christian Baulez, « Le projet d'installation de Napoléon à Versailles. De Gondoin à Fontaine », Versalia, no 9, , p. 14-22.
D. Bilodeau, « Types et historicisme : l'École de Chirurgie de Jacques Gondoin et l'émergence d'une conception généalogique de l'architecture en France au XVIIIe siècle » in L'Architecture, les sciences et la culture de l'histoire au XIXe siècle en France, Les Entretiens Jacques-Cartier, décembre 1997, Publication de l'Université de Saint-Étienne. p. 131-144.
Géraldine Defives, Recherches sur l'architecte Jacques Gondoin (1737-1818), Maîtrise d'histoire de l'art, Université Paris X-Nanterre, 1996, 2 vol. dactylographiés.
Géraldine Defives, « La villa des Vives-Eaux, un exemple de construction privée dans l'œuvre de l'architecte Jacques Gondoin » in Bulletin de la Société de l'histoire de l'art français, 1997, p. 239-250.
Jean-Jacques Gautier, « Jacques Gondoin, architecte et dessinateur du Garde-Meuble de la Couronne », L'Estampille, novembre 1992, no 263, p. 58-66.
Pierre-Louis Laget, « Du collège Saint-Côme au temple d’Esculape : un monument royal dédié à l’art et science de chirurgie ». Dans : Rabreau, Daniel (sous la direction de), Paris, capitale des arts sous Louis XV, Bordeaux, William Blake and Co, 1997 (Annales du Centre Ledoux, t. 1), p. 149-165.
Martine Plouvier, « Jacques Gondoin et le maître autel de la cathédrale de Noyon », Société archéologique, historique et scientifique de Noyon, Comptes rendus et mémoires, 1990, t. 36, p. 201-223.