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Gerhard Klopfer est né à Schreibersdorf en Silésie prussienne (aujourd'hui en Pologne) en 1905. Après des études de droit et d'économie, il devient juge à Düsseldorf en 1931. Lorsque les nazis arrivent au pouvoir en 1933, il adhère au NSDAP et à la SA, et en 1934 rejoint la Gestapo.
En 1935, il entre dans l'équipe de Rudolf Hess et à la SS au rang de Oberführer. En 1938, il est chargé de la saisie des biens juifs, des mariages « mixtes » entre Allemands et juifs et des questions générales quant à l'occupation d'États étrangers.
En 1945, Klopfer fut capturé et inculpé de crimes de guerre, mais il fut ensuite relâché faute de preuves. Il devint conseiller fiscal à Ulm (Bade-Wurtemberg). Plus tard il s'installa à Fairfax, Virginie, aux États-Unis. En 1987, il fut le dernier participant de la Conférence de Wannsee à mourir.