La frontière entre les deux pays se compose d’un tronçon long et fragile qui s’étend entre trois zones : la côte du Pacifique, la cordillère centraméricaine(es) et la zone côtière des Caraïbes. Par le traité Echandi-Fernández(es) de 1941, la frontière actuelle a été délimitée et définie par les points suivants :
De là, elle continue en amont à travers la partie inférieure de la vallée de la rivière jusqu'à ce qu'il atteigne le parallèle à 9° 30' de longitude nord.
Elle continue ensuite en ligne droite jusqu'au méridien à 82° 56' 10 de longitude ouest.
De là, il continue vers le sud, le long de ce méridien, jusqu’au sommet de la cordillère de Talamanca, qui sépare les eaux des Caraïbes des eaux du Pacifique.
La ligne médiane dans laquelle tous les points sont équidistants des points les plus proches des lignes de base, d'où chaque nation mesure la largeur de sa mer territoriale, à partir du point où la frontière terrestre touche la mer à la pointe Burica(es) jusqu'au point 5° 00′ 00″ N, 84° 19′ 00″ O où les frontières du Costa Rica, de la Colombie et du Panama se croisent.
Le conflit frontalier débute à la fin des guerres d'indépendance hispano-américaines au XIXe siècle. A cette époque, le Costa Rica appartenait à la république fédérale d'Amérique centrale, tandis que le Panama appartenait à la Grande Colombie. Au moyen du principe de l'uti possidetis juris, appliqué par presque toutes les républiques hispano-américaines dans la résolution des conflits frontaliers, la Grande Colombie s’est revendiquée sur la base d'un décret royal du , du côté de l'Atlantique la côte des Moustiques du rio Culebras (ou Doraces) au cap Gracias a Dios (y compris l'actuelle côte caraïbe du Costa Rica), et dans le Pacifique le golfe Dulce, tandis que la République fédérale d’Amérique centrale, sur la base d’un décret royal du , revendiquait comme limite une ligne qui partait de l'île Escudo de Veraguas dans l’Atlantique et se terminait à l'embouchure du río Chiriquí Viejo(es) dans le Pacifique. Pour sa part, dans sa constitution d’État de 1825, le Costa Rica, déclare que son territoire s'étend du nord au sud « d'une mer à l'autre, ses limites étant au nord l'embouchure du fleuve San Juan à la province de Veraguas, et au sud l'embouchure du fleuve Alvarado et du río Chiriquí Viejo(es). »
Après plusieurs actions des autorités colombiennes survenues en dans la région du golfe Dulce et des Rios Sixaola et Changuinola(es), zones que le Costa Rica considérait comme faisant partie de son territoire, des échanges de notes de protestation ont été faits entre le gouvernement de ce pays et celui de l'État souverain du Panama demandant le respect du Statu quo et le retrait des autorités de l'une ou l'autre nation. Après cela, un communiqué a été envoyé entre les gouvernements costaricain et colombien afin de conclure un accord définitif de limites entre les deux pays et d’éviter des confrontations telles que celle susmentionnée. À la suite de ces négociations, il est signé le le traité Montúfar-Correoso(es), qui délimite les territoires entre la pointe Burica(es), la la Serranía de Tabasará(es) et la baie d'Almirante, et qui n'a été ratifié par aucun des deux gouvernements.
En raison de la forte instabilité politique qui sévissait dans la région et de l'inefficacité de la délimitation de la frontière commune, la Colombie et le Costa Rica ont signé les conventions Castro-Quijano(es) en 1880, Fernández-Holguín en 1886 et Esquivel-Holguín(es) en 1896 afin d'établir un mécanisme commode pour délimiter la frontière. Dans la convention Castro-Quijano(es) de 1880, l'arbitrage d'une tierce partie a été choisi comme méthode définitive, qui pouvait être le chef d'État de la Belgique, de l'Espagne ou de l'Argentine. Pour la convention Fernández-Holguín de 1886, le monarque espagnol fut choisi comme médiateur. La couronne espagnole a accepté l'arbitrage, mais la mort d'Alphonse XII en 1885 et la participation du gouvernement espagnol à une décision similaire(es) entre la Colombie et le Venezuela ont soulevé des doutes dans la mission colombienne quant à la poursuite du processus. La Colombie a estimé qu’il ne pouvait y avoir d'arbitrage et le gouvernement espagnol s'est alors considéré comme désengagé.
A cette époque, la Colombie souffrait de la guerre des Mille Jours, qui a laissé le pays en ruine, il n'a donc été possible, qu'en 1901, que les gouvernements des deux pays entrent en relation pour l'exécuter cet accord, qui n'a pas pu être signé en raison de la guerre civile, les aspirations séparatistes du département de Panama ont resurgi, finissant par obtenir sa séparation totale de la Colombie le .
En 1905, le Panama et le Costa Rica ont signé le 6 mars de la même année le traité Pacheco-de la Guardia(es), qui proposait comme solution une ligne intermédiaire entre les revendications des deux pays, mais qui a été rejeté par l'exécutif costaricain. Comme le problème n'était toujours pas résolu, en 1910, les gouvernements des deux nations ont signé la convention Anderson-Porras(es) par lequel ils acceptent la frontière tracée par la décision Loubet(es) sur le versant Pacifique (ligne Anderson-Porras) et conviennent de soumettre l'interprétation de la délimitation du versant des Caraïbes à l'arbitrage du Président de la Cour suprême des États-Unis. Celui-ci a résolu la question en 1914 par le biais de la décision White(es), qui définit largement la frontière dans sa partie nord et à laquelle le Panama s'est opposé au motif qu'il avait perdu des territoires autour du rio Sixaola.
À la suite de la promulgation de la décision White, le Costa Rica a décidé d'appliquer les dispositions de la sentence arbitrale en occupant la région du rio Coto(es). A la suite de cette action le Panama a rompu ses relations diplomatiques entre les deux pays, puis elle a déclenché le la guerre de Coto(es). En 1928, le protocole Castro-Guizado(es) est signé, mais il est rejeté par l'opinion publique costaricienne et panaméenne. En 1938, le traité de Zúñiga-de la Espriella(es) est signé, qui définit pour la plupart une frontière similaire à l'actuelle, mais a laissé planer le doute sur le tracé sur le versant Caraïbe, en particulier la région près du rio Sixaola.
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