Depuis 1990, il est architecte en chef de Saône-et-Loire et du château de Versailles, de ses dépendances en ville et du Grand Trianon, et on lui adjoint la ville de Versailles en 2000. Il est ainsi maître d'œuvre lors de travaux de toitures au Château de Montcony de 2002 à 2005 et travaille à la restauration du château d'Asnières en 2004. À Versailles, il dirige les travaux de rénovation de la galerie des Glaces de Versailles entre 2004 et 2007, puis la reconstitution de la grille royale en 2008, critiquée par certaines associations[1],[2], et la réouverture de l’opéra royal en 2009. À Chartres, il assure la maîtrise d'œuvre des travaux de restauration intérieurs de la cathédrale. Il dirige par ailleurs les travaux de restauration de Vézelay. Les partis architecturaux pris par Frédéric Didier dans ces deux opérations, comme dans celle de la grille du château de Versailles, font l'objet de critiques en France comme à l'étranger[3],[4].
En 2009, Frédéric Didier et trois confrères architectes en chef des Monuments historiques, Christophe Batard, Christophe Bottineau et Jacques Moulin, s'associent pour former l'agence 2BDM Architecture Patrimoine[5].
Il a également présidé le Collège des monuments historiques. Il est administrateur de la Société française d'archéologie, de la Société des amis de Versailles et des Vieilles maisons françaises (VMF), et secrétaire général de l'Académie des sciences morales, des lettres et des arts de Versailles et de l'Île-de-France.
Le Château d'Oiron et son cabinet de curiosités, en collaboration avec Jean Guillaume, Jean-Hubert Martin, Paris, Éditions du Patrimoine, 2000 (ISBN2-85822-264-9)
Versalia : revue de la société des amis de Versailles, périodiques
« Charles-Frédéric Nepveu (1777-1862), Architecte du roi Louis-Philippe à Versailles, Témoin d’exil » n° 19, 2016, p.165-180
« Les Dépendances en ville du château de Versailles. Vingt années de réflexion et d’action », n° 18, 2015, p. 103-127
« Le Plafond du pavillon des bains de la princesse de Conti à Versailles. Un témoin du goût arabesque sous Louis XIV à redécouvrir », n° 12, 2009, p. 55-70
« La Grille et la Cour royales », n° 10, 2007, p. 26-43, en collaboration avec Annick Heitzmann
« La Restauration du cabinet doré de la reine au château de Versailles », n° 8, 2005, p. 30-39
« Un Témoin inédit au sein de l’appartement du roi : "boudoir de Louis XV" », n°7, 2004, p. 70-73.
« L’Horloge de la cour de marbre au château de Versailles », n° 4, 2001, p. 62-71.
« Les sculptures d'acrotères du Trianon de Marbre », n° 1, 1998, p. 40-47 [6], en collaboration avec Annick Heitzmann
Congrès archéologique de France, Société française d'archéologie, Paris
« Chalon-sur-Saône, Cathédrale Saint-Vincent, Le cloître », dans Monuments de Saône-et-Loire, 2010, p. 121-129.
« Chalon-sur-Saône, Cathédrale Saint-Vincent, La reconstruction de la façade occidentale au XIXe siècle », dans Monuments de Saône-et-Loire, 2010, p. 113-120.
« Le Château de Thouars », Deux-Sèvres, 2001, p. 333-347.
Revue de l'histoire de Versailles et des Yvelines
« Le palais du Roi de Rome à Rambouillet. Un palais impérial au destin mouvementé », t. 96, 2014, p. 126-137, en collaboration avec Emmanuel Sarméo
