Le District du bassin lédonien est créé le et regroupe Chille, Courlans, Courlaoux, Lons-le-saunier, Montmorot, Perrigny et Trenal (7 membres).
Le , il change de statut et devient la Communauté de Communes du Bassin de Lons-le-Saunier.
Entre 2000 et 2010, Courbouzon, Chilly le vignoble, Condamine, L’Étoile, Saint-Didier, Cesancey, Conliège, Frébuans, Messia-sur-Sorne, Pannessières, Revigny, Le Pin, Briod, Publy et Vevy intègrent la communauté de communes (22 membres).
Le , elle change de statut et devient la communauté d'agglomération de Lons-le-Saunier. Villeneuve-sous-Pymont intègre la communauté d'agglomération en 2012 (23 membres). Mirebel et Verges intègrent la communauté d'agglomération en 2013 (25 membres).
Le , la Communauté de communes du Val de Sorne (Bornay, Courbette, Geruge, Gevingey, Macornay, Moiron, Montaigu, Vernantois) fusionne avec ECLA. Le même jour, la commune de Trenal fusionne avec celle de Mallerey pour former une commune nouvelle et doit décider de son intercommunalité.
Le conseil communautaire de la communauté d'agglomération se compose de 63 conseillers[4], représentant chacune des communes membres et élus pour une durée de six ans.
Ces listes gagneraient à être rédigées sous la forme de paragraphes synthétiques, plus agréables à la lecture, les listes pouvant être aussi introduites par une partie rédigée et sourcée, de façon à bien resituer les différents items. D'autre part, Wikipédia n'a pas pour rôle de constituer une base de données et privilégie un contenu encyclopédique plutôt que la recherche de l'exhaustivité.