Pendant ses études secondaires le jeune Kris se passionne pour l'art et son histoire. En 1918 il s'inscrit à la faculté de philosophie de Vienne et devient diplômé de l'histoire de l'art en 1922. Il devient conservateur du musée d'histoire de l'art de Vienne.
C'est à ce titre que sa fiancée, Marianne Rie, le présente à Sigmund Freud en 1924 pour le conseiller au sujet de sa collection d'antiquités. Les familles Freud et Rie entretenaient des relations amicales et quand Marianne commence une formation analytique à Berlin après ses études de médecine, Freud recommande à Kris d'entreprendre également une analyse, ce qu'il fait avec Helene Deutsch.
En 1928 Ernst et Marianne Kris sont acceptés comme membres associés de la Société psychanalytique de Vienne, Ernst continuant parallèlement une carrière d'historien de l'art.
En 1932, il rédige sa première étude psychanalytique dans la revue Imago, dont il devient corédacteur en 1932, avec Robert Waelder.
avec Otto Kurz, L'Image de l'artiste (1979), d'après Die Legende vom Künstler: ein geschichtlicher Versuch (1934)
Le Style rustique. Le moulage d'après nature chez Wenzel Jamnitzer et Bernard Palissy, intro. E. Gombrich, préf. P. Falguières, trad. C. Jouanlanne & G. Morel, Paris, Macula, 2005 (ISBN978-2-86589-055-2)
