Formé dans l'équipe de la Fondation Esteban Chaves, Einer Rubio découvre les compétitions européennes en intégrant en 2017 l'équipe Vejus, basée en Italie.
En 2019, il se classe deuxième du Tour d'Italie espoirs derrière son compatriote Andrés Camilo Ardila. Lors de cette course, il gagne une étape et le maillot de meilleur grimpeur. Il est recruté en 2020 par l'équipe World Tour Movistar, où son profil rappelle celui de Nairo Quintana[3]. Lors de sa première saison chez Movistar, il participe à son premier grand tour avec le Tour d'Italie. En 2021, il est à nouveau au départ du grand tour italien. La même année, il obtient son premier résultat notable pour l'équipe en s'adjugeant le classement de la montagne au Tour de Burgos. Lors de la saison 2022, il se classe notamment quatrième du Tour de Toscane, cinquième du Tour de Langkawi et dixième du Tour de Romandie. En janvier 2023, il prend la troisième place du Tour de San Juan[n 1]. Le 22 février, le jour de ses 25 ans, il remporte en solitaire la troisième étape du Tour des Émirats arabes unis après une attaque à dix kilomètres de l'arrivée. Il signe ainsi sa première victoire professionnelle sur l'UCI World Tour[4],[5]. En mai, il participe pour la troisième fois au Tour d'Italie, où il gagne la 13e étape devant Thibaut Pinot.
En fin de contrat avec Movistar en décembre 2023, l'équipe annonce en octobre la prolongation de celui-ci jusqu'en fin d'année 2026[6].
