En 1880, il perd sa bourse, sa famille ayant fui l'Alsace pour se réfugier à Nancy, après la défaite de la guerre de 1870. Son père n'était alors plus en mesure de subvenir aux dépenses de Désiré Walter dans la capitale.
Il achève ses études à l'école Niedermeyere en 1881. De ce moment là, à partir du 27 janvier 1881, et jusqu'en 1939, il est professeur de musique, maître de chapelle et organiste au collège de jésuites de Notre-Dame-de-Mongré, à Villefranche-sur-Saône[1]. Il est engagé comme professeur de musique et organiste. Par sa virtuosité et son travail sur les registrations, ainsi que le choix des œuvres exécutées, Désiré Walter éblouit immédiatement ses auditeurs. Il joue notamment des œuvres de César Franck et de Léon Boëllmann, ainsi qu'Alexandre Guilmant, Théodore Dubois, Alphonse Mailly, Samuel Rousseau, Guy Ropartz, Joseph Bonnet, Fernand de La Tombelle... Il apprécie aussi Charles-Marie Widor et Eugène Gigout.
Après la Grande Guerre, il prend connaissance de l'œuvre de Louis Vierne. Il connait aussi les compositrices Cécile Chaminade, qui lui dédie sa Passacaille en mi majeur, et Mel Bonis. Avec cette dernière, Désiré Walter entretien une correspondance fournie et ils s'échangent régulièrement des partitions.
