Coronavirus du syndrome de la diarrhée aiguë porcine

Coronavirus du syndrome de la diarrhée aiguë porcine
ou SADS-CoV (Swine acute diarrhea syndrome coronavirus)
Description de l'image Defaut 2.svg.
Classification
Domaine Riboviria
Règne Orthornavirae
Embranchement Pisuviricota
Classe Pisoniviricetes
Ordre Nidovirales
Sous-ordre Cornidovirineae
Famille Coronaviridae
Sous-famille Orthocoronavirinae
Genre Alphaoronavirus
Sous-genre Rhinacovirus
Espèce Rhinolophus bat coronavirus HKU2

Le Coronavirus du syndrome de la diarrhée aiguë porcine (ou SADS-CoV, pour "Swine acute diarrhea syndrome coronavirus") décrit chez le porc en Chine en 2016 [1],[2] est un coronavirus, appartenant à l'espèce apparenté au Rhinolophus bat coronavirus HKU2[3] dans le genre Alphacoronavirus. Il cause des diarrhées aiguës et très contagieuses chez le porc.

Le virus serait transmis par les excréments de chauves-souris du genre Rhinolophes aux porcs[3].

Les symptômes sont les mêmes que ceux induits par le virus de la diarrhée épidémique porcine ; le pathogène est hautement virulent, et hautement pathogène chez les porcelets de moins de 5 jours (ils meurent avec une probabilité de 90%).

Histoire

Ce SADS-CoV a émergé ou a été identifié pour la première fois lors d'une épidémie porcine de syndrome respiratoire aigu sévère causé par un coronavirus lié au syndrome respiratoire aigu sévère dans la province du Guangdong en 2016-2017, où il a causé la mort de plus de 24693 porcelets dans 4 exploitations[4].

Puis de à , aucun nouveau cas de SADS n'a été signalé dans les élevages porcins du Guangdong.

La maladie est réapparue en (on parle de maladie ré-émergente), confirmée par des analyses d'échantillons intestinaux prélevés chez des porcelets malades[4]. Une enquête sérologique faite sur le sérum des truies laisse penser que le SADS-CoV était présent dans cet élevage ; l'homologie et l'analyse phylogénétique du génome entier de ce virus ont montré que la souche SADS‐CoV réémergente partageait des identités de séquence élevées avec les souches SADS‐CoV existantes[4]. Cette épidémie porcine doit donc être considérée comme latente ou potentiellement réémergente[4].

Écoépidémiologie

Selon les données disponibles en 2020, ce coronavirus ne peut pas infecter les humains[5],[6],[7],[3]. Il reste à surveiller, car en mutant il pourrait devenir contagieux pour d'autres espèces (dont pour l'homme éventuellement)[8]. Et les élevages industriels de porcs étant nombreux, cet animal pourrait faire un bon creuset pour une recombinaison virale dangereuse, par exemple avec du SARS-CoV-2)[8].

Génétique

La souche nouvelle baptisée SADS-CoV, identifiée chez le porc en Chine, est un Alphacoronavirus[3],[4].

Il est génétiquement très proche (98,48% d’identité) à celui collecté dans des écouvillons anaux chez le rhinologie roux chinois (Rhinolophus sinicus), le petit Rhinolophe (Rhinolophus pusillus), le Rhinolophe royal (Rhinolopus rex) et intermédiaire (Rhinolopus affinus)[3].

Contrôle

Lors de sa ré-émergence en 2019, le SADS-CoV a pu être contrôlé par l'utilisation d'un vaccin basé sur un virus atténué par propagation in vitro[4].

Voir aussi

Articles connexes

Bibliographie

  • Li, K., Li, H., Bi, Z., Gu, J., Gong, W., Luo, S., … Tang, Y. (2018) Complete genome sequence of a novel swine acute diarrhea syndrome coronavirus, CH/FJWT/2018, isolated in fujian, china, in 2018. Microbiol Resour Announc, 7(22), e01259–18
  • (en) Qiuhong Wang, Anastasia N Vlasova, Scott P Kenney et Linda J Saif, « Emerging and re-emerging coronaviruses in pigs », Current Opinion in Virology, vol. 34,‎ , p. 39–49 (PMID 30654269, PMCID PMC7102852, DOI 10.1016/j.coviro.2018.12.001, lire en ligne, consulté le )
  • (en) Peng Zhou, Hang Fan, Tian Lan et Xing-Lou Yang, « Fatal swine acute diarrhoea syndrome caused by an HKU2-related coronavirus of bat origin », Nature, vol. 556, no 7700,‎ , p. 255–258 (ISSN 0028-0836 et 1476-4687, PMID 29618817, PMCID PMC7094983, DOI 10.1038/s41586-018-0010-9, lire en ligne, consulté le ).
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Références

  1. ↑ Alessio Lorusso, « Novel coronavirus (SARS-CoV-2) epidemic: a veterinary perspective », Veterinaria Italiana,‎ , p. 1 (ISSN 1828-1427, DOI 10.12834/VetIt.2173.11599.1, lire en ligne, consulté le )
  2. ↑ (en) Qiuhong Wang, Anastasia N Vlasova, Scott P Kenney et Linda J Saif, « Emerging and re-emerging coronaviruses in pigs », Current Opinion in Virology, vol. 34,‎ , p. 39–49 (PMID 30654269, PMCID PMC7102852, DOI 10.1016/j.coviro.2018.12.001, lire en ligne, consulté le )
  3. ↑ a b c d et e (en) Peng Zhou, Hang Fan, Tian Lan et Xing-Lou Yang, « Fatal swine acute diarrhoea syndrome caused by an HKU2-related coronavirus of bat origin », Nature, vol. 556, no 7700,‎ , p. 255–258 (ISSN 0028-0836 et 1476-4687, PMID 29618817, PMCID PMC7094983, DOI 10.1038/s41586-018-0010-9, lire en ligne, consulté le )
  4. ↑ a b c d e et f (en) Ling Zhou, Qian N. Li, Jiang N. Su et Gui H. Chen, « The re‐emerging of SADS‐CoV infection in pig herds in Southern China », Transboundary and Emerging Diseases, vol. 66, no 5,‎ , p. 2180–2183 (ISSN 1865-1674 et 1865-1682, PMID 31207129, PMCID PMC7168562, DOI 10.1111/tbed.13270, lire en ligne, consulté le )
  5. ↑ « Chinese Scientists Identify SARS-Like Illness in Pigs »,
  6. ↑ « SADS: Neues Schweinevirus hält Forscher in Atem »,
  7. ↑ « A Novel Virus Killed 24,000 Piglets in China. Where Did It Come From? »,
  8. ↑ a et b (en) Khan Sharun, Ruchi Tiwari, Mohd. Iqbal Yatoo et Shailesh Kumar Patel, « Antibody-based immunotherapeutics and use of convalescent plasma to counter COVID-19: advances and prospects », Expert Opinion on Biological Therapy, vol. 20, no 9,‎ , p. 1033–1046 (ISSN 1471-2598 et 1744-7682, DOI 10.1080/14712598.2020.1796963, lire en ligne, consulté le )