Malgré un vent fort qui les défavorisent, les favoris sont au rendez-vous. Óscar Sevilla devance Félix Cárdenas de cinq secondes et Marlon Pérez, de huit. Il s'empare du même coup du premier maillot de leader.
29 - 30 septembre
Félix Cárdenas prend la première place au classement général par le jeu des bonifications. Óscar Álvarez s'impose dans la première étape en devançant le sprint du peloton. La présence de Carlos Pantano dans les tentatives de fugue lui permet de s'emparer de la tête du classement des étapes volantes. Dans la deuxième étape, le peloton vient mourir sur les talons d'Edgar Fonseca, sorti à quelques kilomètres de la ligne.
1er octobre
La troisième étape est l'étape décisive du Clásico RCN 2012. Óscar Sevilla attaque ses rivaux Félix Cárdenas et l'équipe EPM - UNE. Seuls Alex Cano et, dans un premier temps, Walter Pedraza peuvent le suivre. Sevilla et Cano terminent avec trois minutes d'avance sur les principaux favoris et circonscrivent la compétition à un duel.
2-3 octobre
Il s'ensuit deux étapes sans incidence sur le haut du classement général. À Pereira, trois hommes de la GW Shimano devance de quarante-cinq secondes le groupe des favoris; Óscar Sánchez remportant la victoire. À Cali, l'Équatorien Byron Guama dispose du peloton à la suite d'un sprint massif.
4 octobre
L'étape reine de la compétition débouche sur un statu quo en tête du classement général. Malgré une attaque d'Alex Cano qui déstabilise un temps Óscar Sevilla, les trois premiers du classement général arrivent, avec une dizaine d'hommes, groupés à Ibagué. Jahir Pérez, coéquipier du leader, profite de la légère ascension finale pour s'imposer légèrement détaché.
5-6 octobre
Bien que les tentatives de déstabilisation du leader de la course, organisées par l'équipe Aguardiente Antioqueño, réduisent le groupe des favoris à quelques unités. Sevilla conserve la tête du classement à Facatativá. Argiro Ospina, coéquipier d'Alex Cano, remporte l'étape en solitaire, après avoir beaucoup travaillé pour son chef de file. Le lendemain, un groupe d'échappés prend jusqu'à huit minutes d'avance sur les favoris. Camilo Gómez, présent dans l'échappée, s'impose à Tunja. Marlon Pérez récupère la première place du classement des étapes volantes.
7 octobre
Le contre-la-montre terminal voit la victoire de Sevilla qui remporte ainsi son deuxième Clásico RCN. Rafael Infantino, vainqueur 2011, grimpe sur la troisième marche du podium, à la faveur de l'exercice en solitaire. Tandis qu'Argiro Ospina, deuxième de l'étape, en profite pour subtiliser la tête du classement des moins de 23 ans à Ronald Gómez.
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