Son père était avocat au barreau de Brest. Il suit des études secondaires au collège de Notre-Dame du Bon-Secours à Brest puis au collège Saint-Vincent de Rennes. Après le baccalauréat, il entre à la faculté de droit de Paris. La fin de sa première année de droit coïncide avec la débâcle de et le repli de la faculté de Paris à Rennes.
À Brest, du 15 au , il prend une part active, devant l'avancée allemande, à l'évacuation des troupes vers l'Angleterre.
Lui-même, en accord avec son père, décide de quitter la France pour rejoindre la Grande-Bretagne au moyen, successivement, d'un petit canot de pêche, d'un torpilleur de la Marine nationale et d'un vieux remorqueur qui le conduisent à Plymouth.
Engagé dans les Forces françaises libres dès son arrivée, il est affecté à l'escadron de cavalerie motorisée de Delville Camp puis à la 1re compagnie de chars de combat des FFL. Le , il embarque avec son unité sur le Pennland à destination de Dakar. Après l'échec de l'opération, il débarque à Douala au Cameroun le .
Il est alors conducteur de chars légers M39 quand il est désigné pour suivre les cours du peloton d'élève officier au camp Colonna d'Ornano à Brazzaville en 1941.
Ensuite, il est affecté au bataillon de marche no 7 (BM 7) à Bangui mais il démissionne de son grade en pour servir activement au Western Desert en Libye, au sein du groupe de reconnaissance 1 (GR 1) des spahis marocains du commandant Jourdier à Bardia. Au moment des combats d'El Alamein, en , il rejoint le groupe de reconnaissance 2 (GR 2). Promu sous-lieutenant le , il prend part désormais à tous les combats avec le 1er régiment de marche de spahis marocains (1er RMSM).
En , après la campagne de Tunisie, Charles Le Goasguen est promu lieutenant. Il se distingue au cours des opérations de Normandie au sein de la 2e DB, participe à la libération de Paris et prend le commandement, le , à la veille de la libération de Strasbourg, du 1er escadron du 1er RMSM. Après la campagne d'Alsace, il termine la guerre en Allemagne, à Berchtesgaden, avec le grade de capitaine.
Il reste au 1er RMSM jusqu'au , puis reprend ses études de droit. En 1950, il s'inscrit comme avocat au barreau de Brest.
Conseiller municipal à Plougonvelin de 1959 à 1963, puis à Brest de 1963 à 1965, Charles Le Goasguen est député UNR du Finistère de 1962 à 1967.
Appelé alors par le général de Gaulle en personne, qui voulait placer à ce poste une personnalité connaissant l'Afrique, il dirige l'office de coopération et d'accueil universitaire chargé de gérer les étudiants étrangers boursiers de l'État français de 1968 à 1973.
Administrateur de sociétés pétrolières jusqu'à la fin de 1979, date à laquelle il se retire à Brest où il crée l'« Association du Mémorial » de la 2e guerre mondiale.
Charles Le Goasguen est décédé le à Brest. Il a été inhumé au cimetière de Plougonvelin.
Le , une place de la commune de Plougonvelin reçoit son nom.
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