La compétition se déroule du au en trente-huit journées, toutes les équipes se rencontrant deux fois lors d'un match aller et d'un match retour. Le vainqueur ainsi que le deuxième du classement final sont directement promus en 2. Bundesliga 2013-2014. Le troisième dispute un barrage de promotion contre le seizième de 2. Bundesliga en une confrontation aller-retour, qui qualifie le vainqueur pour la saison 2013-2014 de 2. Bundesliga. Les trois derniers sont relégués en Regionalliga.
Le Karlsruher SC remporte le championnat et réussit une remontée immédiate en 2. Bundesliga. Le DSC Arminia Bielefeld termine deuxième et est également promu. Le VfL Osnabrück, troisième, s'incline face au SG Dynamo Dresde, seizième de 2. Bundesliga, en barrage de promotion. Le SV Babelsberg 03 et l'Alemannia Aachen sont relégués sportivement en Regionalliga, tout comme les Kickers Offenbach, qui se sont pourtant maintenus sportivement, mais n'ont pas obtenu leur licence auprès du DFB, la fédération allemande de football, et se voient rétrogradés à la place du 18e, le SV Darmstadt 98.
Le classement est établi sur le barème de points classique (victoire à 3 points, match nul à 1, défaite à 0).
Pour départager les égalités, on tient d'abord compte de la différence de buts générale, puis du nombre de buts marqués, puis des confrontations directes et enfin si la qualification ou la relégation est en jeu, les deux équipes jouent une rencontre d'appui sur terrain neutre.
↑Le Kickers Offenbach subit une pénalité de deux points pour avoir utilisé l'argent de la caution d'un fonds de la DFB. Après la fin de la saison, le club n'a pas obtenu de licence pour la saison suivante et est donc administrativement rétrogradée en Regionalliga[2].
↑L'Alemannia Aachen demande le rétrogradation pour la saison suivante le 23 novembre 2012, le club étant en cessation de paiement[3]. Plus tard dans la saison, le club subit une pénalité de cinq points pour avoir utilisé la caution d'un fonds de la DFB sans rembourser cette caution à temps[4].
À la fin de la saison, le 16e de 2. Bundesliga affronte la troisième meilleure équipe du classement pour une double confrontation aller/retour. Le vainqueur est promu en 2. Bundesliga et le perdant est relégué en 3. Liga.