Pesäpallon SM-sarjassa 1946 pelasi 13 joukkuetta. Toijalan Pallo-Veikot uusi mestaruutensa. Vuonna 1945 Toijalan mestaruus perustui kovaan lyöntipeliin (181 juoksua ja neljä kärkisijaa lyöjäpörssissä), mutta tällä kertaa mestaruus oli ulkopelin ansiota: Toijalan vastustajat saivat tehtyä yhteensä vain 23 juoksua eli keskimäärin alle kaksi ottelua kohti.
Viisi viimeistä joukkuetta putosi SM-sarjasta. Tampereen Pesäpeikot saivat kuitenkin pitää TUL:n kiintiöpaikan, koska halukasta nousijaa ei TUL:n puolelta löytynyt.
Naiset pelasivat mestaruudesta ensimmäisen kerran sitten vuoden 1940. Finaalissa kohtasivat Varkaus ja puolustava mestari Katajanokan Haukat. Välierissä Varkaus oli pudottanut Outokummun Partion juoksuin 4–0.[1]