Pesäpallon Suursarja 1939 oli 18. SM-sarjan kausi. Nousijajoukkueiden välisessä finaalissa Haminan Palloilijat voitti mestaruuden. Kolmas nousija, Tampere, jakoi kolmannen sijan Kuusankosken kanssa, joten vallanvaihdos oli täydellinen. Hallitseva mestari HPL säilyi vaivoin sarjassa.
Myös naisten puolella Haminan Palloilijat selvisi loppuotteluun. Puolustava mestari Katajanokan Haukat kävi kuitenkin vierasvoiton juoksuin 0-3 ja voitti toisen mestaruutensa.