Tämän jälkeen hän muutti Roomaan, jossa hänestä tuli Laeliuksen ja Scipio nuoremman ystävä. Hän asui vieraana viimeksi mainitun asunnossa, ja osallistui hänen kanssaan matkoille Egyptiin ja Aasiaan vuosina 143 tai 141 eaa.
Palattuaan Roomaan hän teki suuren työn stoalaisten ajatusten ja kreikkalaisen filosofian esittelemisessä roomalaisille. Hänen oppilainaan oli joukko merkittäviä roomalaisia, kuten auguuri Q. Mucius Scaevola ja Q. Aelius Tubero.
Scipion murhan vuonna 129 eaa. jälkeen hän asui vuorotellen Ateenassa ja Roomassa, mutta enimmäkseen Ateenassa. Siellä hän seurasi Antipatros Tarsoslaista stoalaisen koulun johdossa. Ateenalaiset tarjosivat hänelle kaupungin kansalaisoikeuksia, mutta hän kieltäytyi niistä. Hänen merkittävin oppilaansa filosofiassa oli Poseidonios.
Filosofia
Opetuksissaan Panaitios painotti erityisesti etiikkaa, kuten muutkin stoalaiset. Hänen merkittävimmät kirjoituksensa olivat myös tästä aiheesta. Niistä on säilynyt ainoastaan merkityksettömiä katkelmia. Teokset olivat:
Velvollisuuksista, kolme kirjaa, Ciceron teoksen De officiis kahden ensimmäisen kirjan lähde
Kaitselmuksesta, jota Cicero hyödynsi teoksessaan De divinatione (ii.) ja mahdollisesti osassa teoksen De Deorum natura toista kirjaa
Poliittinen tutkielma, jota Cicero hyödynsi teoksessaan De republica (Valtio)
Iloisuudesta
Filosofisista kouluista
Kirje Q. Aelius Tuberolle, De dolore paliendo (Cicero, De finibus, iv. 9, 23)