Nykyisen kaupungin alue oli historiallisesti varhaisriisin (hayabamai) viljelyaluetta. Riisin lisäksi siellä tuotettiin myös vihanneksia, joita kuljetettiin Nakajokea pitkin myytäviksi Edoon. Toisen maailmansodan jälkeen alueelle alkoi sijoittua teollisuutta, ja myöhemmin 1960-luvulta lähtien se on kasvanut voimakkaasti yhtenä Suur-Tokion metropolialueen lukuisista esikaupungeista. Misaton kyläkunta perustettiin vuonna 1956 liittämällä yhteen Hikonarin, Tōwan ja Wasedan kyläkunnat. Tästä se on saanut nimensäkin, joka merkitsee ’kolmea kylää’. Misatosta tehtiin maaseutukaupunki vuonna 1964, ja kaupunkioikeudet se sai vuonna 1972.[1][4]
