Fukaya kehittyi Japanin keskiajalla linnanaluskaupunkina Fukayan linnan ympärille. Myöhemmin Edo-kaudella 1600–1800-luvuilla se oli yksi vilkkaan Nakasendō-tiereitin postiasemista (shukuba). Historiallisesti tärkeitä elinkeinoja olivat tiilien ja kattotiilien valmistus. Kaupunkiin kuuluvilla ylänköalueilla viljellään mulperia ja koristekukkia, alavilla mailla aiemmin väritatarta, Taishō-kaudelta lähtien pillisipulia ja muita vihanneksia. Kaupunkioikeudet Fukayan maaseutukaupunki sai vuonna 1955, kun siihen liitettiin neljä kyläkuntaa. 1960-luvulta lähtien kaupunkiin on sijoittunut alumiini-, elektroniikka- ja sementtiteollisuutta. Fukaya laajeni huomattavasti vuonna 2006, kun siihen yhdistettiin Hanazonon, Kawamoton ja Okaben maaseutukaupungit.[3][4]