Behaim polveutui varakkaasta kauppiassuvusta, joka asettui Nürnbergiin noin vuonna 1300. Hän sai tavanomaisen koulutuksen, mutta omien sanojensa mukaan hänen opettajiinsa kuului kuuluisa matemaatikko ja tähtitieteilijä Regiomontanus. Behaim aloitti liiketoiminnan jo varhain, ja hänestä tuli kauppaedustaja Antwerpenissä. Vuonna 1481 tai 1482 hän lähti liikematkalle Lissaboniin. Siellä hänen maineensa Regiomontanuksen oppilaana johti siihen, että kuningas Juhana II nimitti hänet jäseneksi tieteelliseen toimikuntaan, jonka tehtävänä oli löytää parannettu menetelmä leveyspiirien määrittämiseksi. Behaim väitetysti toimitti toimikunnalle meriastrolabin ja laadukkaampia navigointitaulukoita. Vuosina 1484–1485 hän väitti olleensa Diogo Cãon mukana tämän toisella Länsi-Afrikkaan suuntautuneella retkikunnalla. Tutkimusmatkoillaan Cão löysi Kongon suun ja eteni nykyiselle Walvis Bay -lahdelle asti. On kiistanalaista, ovatko Behaimin väitteet uskottavia; on mahdollista, että hän sijaan purjehti vain Guinean rannikoille, ehkä Benininlahdelle asti, mahdollisesti tähtitieteilijä José Vizinhon ja João Affonso d'Aveiron kanssa vuosina 1484–1486.[1][2]
Palattuaan Behaimista tehtiin vuonna 1486 portugalilaisen Kristuksen veljeskunnan ritari, ja hän meni naimisiin AzorienFaialin ja Picon saarten kuvernöörin Jobst von Hurterin tyttären kanssa. Palattuaan Nürnbergiin Behaim valmisti kuuluisan karttapallonsa, luultavasti nürnbergiläisen humanistin Hartmann Schedelin avustuksella, vuonna 1492. Siinä näkyy selvästi Ptolemaioksen vaikutus, mutta siihen on myös yritetty sisällyttää myöhemmän keskiajan, muun muassa Marco Polon, löytöjä. Tieteellisenä teoksena se oli jo aikanaan arvoton parhaisiin karttoihin verrattuna: sen Länsi-Afrikka on täysin virheellinen; Kap Verden saaristo sijaitsee satoja kilometrejä oikealta paikaltaan, ja Atlantti on täynnä kuvitteellisia saaria. Vaikka Kolumbus ja Behaim olivat ilmeisesti samaan aikaan Portugalissa, mitään yhteyttä miesten välillä ei ole osoitettu. Ei myöskään voida todistaa, että Fernão de Magalhães olisi eteläistä reittiä etsiessään käyttänyt Behaimin maailmankarttaa, kuten aikoinaan uskottiin.[1][2]
