Jongen liittyi Vaihtoehto Saksalle -puolueeseen vuonna 2013. Hän pääsi tuolloin Baden-Württembergin johtokunnan jäseneksi. Jongen tuli valituksi Saksan liittopäiville vuonna 2017, jolloin hänestä tuli Vaihtoehto Saksalle -puolueen liittopäiväryhmän kulttuuripolitiikan puhemies. Jongen on toiminut myös Desiderius-Erasmus-Stiftungin johtajiston jäsenenä.[1] Vuonna 2024 hänet valittiin Euroopan parlamentin jäseneksi. Hänen seuraajansa Saksan liittopäiväedustajana oli Volker Münz.[3]
Jongen on pitänyt yhteisvaluutta euroa virheenä. Hän vastustaa antisemitistisiä kantoja, joita muun muassa Wolfgang Gedeon on tuonut samassa puolueessa esille. Björn Höcken kiistanalainen maine on Jongenin mielestä perusteeton. Jongenia on kutsuttu Saksassa Vaihtoehto Saksalle -puolueen puoluefilosofiksi ja jopa pääideologiksi, mutta hän on kiistänyt molemmat luonnehdinnat.[2]