Asema avattiin 1. syyskuuta 1903 lähelle Mustiolle vievää tietä, ja se on rakennettu Bruno Granholmin laatimien IV luokan aseman tyyppipiirustusten mukaan. Myöhemmin asema-alueelle rakennettiin myös makasiini sekä vesitorni.[3]
Inkoon ratapihaa siirrettiin 1990-luvulla aseman edestä sen länsipuolelle, jolloin rakennettiin myös alikulkutunneli etelänpuoleiselle laiturille. Tavaraliikenne lopetettiin vuonna 1991 ja miehitys kaksi vuotta myöhemmin.[3] Vuonna 2006 Inkoon kunnanhallitus esitti henkilöjunien pysähtymisten siirtämistä Tähtelän asemalle, koska sen sijaintia pidettiin parempana.[4] Esitys ei kuitenkaan toteutunut. Henkilöliikenne Inkoon asemalla lopetettiin 27. maaliskuuta 2016, kun lähiliikenteen Y-juna lakkasi liikennöimästä Siuntion ja Karjaan välillä.[5][6] Inkoon asemalla pysähtyi kuitenkin VR:n järjestämä liityntäbussiyhteys, joka kulki Kirkkonummen ja Karjaan rautatieasemien välillä. Bussivuoroja oli arkisin kolme päivässä kumpaankin suuntaan.
Henkilöliikenne Inkoon asemalla alkoi uudelleen 3. huhtikuuta 2024.[7] Asemalla pysähtyy kolme H-junavuoroa viikossa molempiin suuntiin.[8]
= juna pysähtyy kyseisellä asemalla = juna sivuuttaa kyseisen aseman pysähtymättä = juna ajaa toista reittiä = juna pysähtyy asemalla ilmaistussa menosuunnassa