Uharte bolkanikoak dira hirurak. Itsasoaren erdian dauden uharte malkartsuak dira. Hiruen artean punturik garaiena Pico de São Tomé (2.024m) markatzen du.
Iparralderen Principe aurkitzen da, Afrikatik gertuen dagoena da, eta 128 km²-ko azalera du. Sao Tome da uharte handiena, 836 km²-ko azaleraduna eta hegoalderen eta Afrikatik urrunen Annobon dago. Azken hau oso txikia da, 17 km²-ko azalera baino ez. Uharte zaharrena Principe da, duela 31 milioi urte eratu baitzen. Sao Tomek 14 milioi urte eta Annobonek 4'8 milioi urte dituzte.
Klima
Ekuatore lerroan egonik ingurune beroa da eta itsasoaren erdian daudenez oso hezea. Horregatik oihan ekuatorialak estaltzen ditu uhartean. Haizeak Ozeano Atlantikotik Afrika kontinentalerantz mugitzen direnez uharteen hego-mendebaldea oso hezea da, urtero 5.000mm-ko prezipitazioa izaten du. Afrikari begira dagoen ipar-ekialdea aldiz lehorragoa da, 1.000mm baino ez. Euriteen garaia urria eta maiatza artean izaten da.
Batazbesteko tenperatura 27 °C ingurukoa da eta aldaketa gutxi izaten ditu. Mendialdean 20 °C-taraino jeitsi daiteke.
Biodibertsitatea
Flora
Espezie endemiko ugari aurkitzen dira uharteetan. Principek 37 landare espezie endemiko ditu, Sao Tomek 95 eta Annobonek 20. 16 espezie baino ez dira hiru uhartetan agertzen. Aipatzekoak dira uharteetan aurkitzen diren Begonia erraldoiak.
Sao Tome uhartean lur baxuetako oihana 800 metrotako altuerara iristen da, ondoren mendiko basoa kokatzen da eta 1.400 metroko altueratik gora baso lainotsua dago.