K. a. 26. urtean Portus Victoriae Iuliobrigensium izenez erromatar portu gisa sortua izan zela uste da, halere, hainbat historialarien arabera, erromatar hiri hori Santoña udalerria izatea ere baliteke. Gaur egungo izena San Emeterio santutik eratorria da: San Emeterio (Sancti Emetherii > Sancti Emderii > Sanct Endere > San Andero > Santendere > Santanderio > Santander... euskarazSanandere[2], betiere San Zeledonioren kondairaren arabera, honek dionez Calahorra hirian San Emeterio eta San Zeledonio martiriei kristautasuna ez ukatzeagatik burua moztu omen zieten, ondoren musulmandarren aurrerakadatik babestu asmoz hauen buruak eta erlikiak harrizko txalupa batean leku honetara ekarri zituzten. Bestalde, baliteke izenaren jatorria askoz ere soilagoa izatea eta "Sanct Ander" hitzan egotea: San Ander edo San Andres.
1893koazaroaren 3anCabo Machichaco bilbotar lurrunontzia bere sotoan 51 tonadinamita eta ontzigainean azido sulfuriko biltegiak zituela Santanderreko portuan lehorreratu zen.[3] Eguerdi aldera sute baten berri eman zen, garai haietan segurtasun neurriak etengabe apurtzen zirenez, ontzira beste ontzietako eskifaiak, suhiltzaileak eta ikusleak hurbildu ziren. Handik gutxira leherketa handi bat jazo zen, ondorioz 590 hildako eta 525 zauritu izan zirelarik.
1941ekootsailaren 15etik16rako gauean portutik gertu dagoen Cadiz kalean sute bat piztu zen. Hego haizeak lagundurik, bi egunetan zehar sute handi batek hiri honetako alde zahar osoa kiskali zuen (denera 37 kale eta 14 hektarea, hiriko dentsitate handiena zuen gunea), bertako kale estu eta egurrezko egiturek erretzea oraindik gehiago erraztu zutelarik. Oraingo honetan suhiltzaile bat hil zen.[4] Dena dela, sute honen arrazoietako bat 1941eko zikloia izan zela aipatu ohi da.[5]