Japonian aintzira ugari dago, askok jatorri bolkanikoa daukate. Biwa aintzira ezik, gainerakoak aintzira txikiak dira.

Hona hemen aintzira nagusiak azaleraren arabera:

Ord.	Ibaia	Luzera	Sakonera	Uhartea	Irudia
1	Biwa	670 km²	103'8 m	Honshu
2	Kasumigaura	167 km²	7'1 m	Honshu
3	Saroma	151 km²	19'6 m	Hokkaidō
4	Inawashiro	103 km²	94'6 m	Honshu
5	Nakaumi	86 km²	17'1 m	Honshu
6	Kussharo	79'3 km²	117'5 m	Hokkaido
7	Shinji	79'1 km²	6'0 m	Honshu
8	Shikotsu	78'4 km²	360'1 m	Hokkaido
9	Tōya	70'7 km²	179'9 m	Honshu
10	Hamana	65'0 km²	13'1 m	Honshu
11	Ogawara	62'2 km²	24'4 m	Honshu
12	Towada	61'0 km²	326'8	Honshu
13	Notoro	58'4 km²	23'1 m	Hokkaido
14	Furen	57'5 km²	13'0 m	Hokkaido
15	Kitaura	35'2 km²	7'0 m	Honshu
16	Abashiri	32'3 km²	16'1 m	Hokkaido
	Akkeshi	32'3 km²	11'0 m	Hokkaido
18	Hachirōgata	27'7 km²	12'0 m	Honshu
19	Tazawa	25'8 km²	423'4 m	Honshu
20	Mashū	19'2 km²	211'4 m	Hokkaido

• Japoniako geografia