Fondita en 1766 ĝi estas ankaŭ konata kiel "Insulo de Leono" aŭ simple "La Insulo", ĉar ĝi situas sur insulo disa de la Iberia Duoninsulo.
Tie estis vilaĝo en fenica epoko, sed la unuaj veraj konstruaĵoj estas de la araba konkero de Iberio. La unua urbodomo estis kreita nur en 1766 kun la establo de ŝipkonstruejo, dum la Milito de Hispana Sendependiĝo ĝi estis la nura hispana urbo ne regata de la armeo de Napoleono. Post tiu milito la reĝo Ferdinando la 7-a de Hispanio donis al la urbo la aktualan nomon San Fernando.
Ekonomie, la urbo estis tre influita pro hispana mararmeo, ŝipkonstruado kaj kazernoj. Inter aliaj armeaj konstruaĵoj notindas la Observatorio de San Fernando, tre grava en 18-a jarcento.
En la lastaj jaroj la urbo suferis fortan ekonomian krizon kaj aktuale gravas turisma kaj fiŝbredada industrio (precipe de ora sparo).