Το πρωτάθλημα της Α΄Κατηγορίας Ε.Π.Σ. Φωκίδας της περιόδου 2009-10 ήταν το 25ο κατά σειρά, υπό την αιγίδα της Ένωσης και έγινε με τη συμμετοχή 12 ομάδων.
Τον τίτλο κατέκτησε, για δεύτερη φορά στην ιστορία του (η πρώτη ήταν το 1998-99), ο Ο. Δωρικός, ο οποίος όμως, λόγω οικονομικών προβλημάτων, παραιτήθηκε από το δικαίωμά του να συμμετάσχει, την επόμενη περίοδο, στο Περιφερειακό Πρωτάθλημα.
Πρώτος σκόρερ του πρωταθλήματος της Α΄Φωκίδας αναδείχθηκε ο Γιάννης Δελής του Κρισσαίου, με 23 τέρματα[1]
Η Αναγέννηση Βουνιχώρας, μια ομάδα που ιδρύθηκε μόλις το 2002, κατάφερε να αναδειχτεί πρωταθλήτρια της Β΄τοπικής κατηγορίας στη Φωκίδα και να ανέλθει στην Α΄κατηγορία.
Το πρωτάθλημα της Β΄κατηγορίας διεξήχθη σε 2 φάσεις και τις δυο πρώτες θέσεις της β΄φάσης, μαζί με την άνοδο στην Α΄κατηγορία, κέρδισαν ο Α.Σ. Αναγέννηση Βουνιχώρας και ο δευτεραθλητής Α.Σ. Αμφισσαϊκός 2006.