Ο θεσμός του κυπέλλου, αποτελεί ταυτόχρονα την πρώτη φάση του Κυπέλλου Ερασιτεχνών της ΕΠΟ. Η ομάδα που ανακηρύσσεται κυπελλούχος ΕΠΣ Φλώρινας, αποκτά το δικαίωμα συμμετοχής στο Κύπελλο Ερασιτεχνών.[1]
Η δομή του πρωταθλήματος της Ε.Π.Σ. Φλώρινας είναι η εξής:[2]
Α1 Κατηγορία
Α΄ Κατηγορία
Β΄ Κατηγορία
Πρωταθλητής ΕΠΣ Φλώρινας ανακηρύχτηκε ο Μακεδονικός Αγίου Παντελεήμονα[3] στην τελευταία αγωνιστική των play off της Α1 κατηγορίας.
Α1 Κατηγορία
11 σύλλογοι συμμετείχαν στην κορυφαία κατηγορία της ΕΠΣΦ. Οι 4 πρώτοι συνέχισαν στα Play Off ανάδειξης του πρωταθλητή. Η τελική βαθμολογία διαμορφώθηκε ως εξής:
1 Η τρίτη θέση της κανονικής περιόδου (που δίνει μπόνους 1 βαθμό για τα Play Off) κρίθηκε σε αγώνα μπαράζ: ΠΑΣ Φλώρινα - Μέγας Αλέξανδρος Φλώρινας 2-2 (2-4 πεν)[4]
2 Η τελευταία θέση της κανονικής περιόδου (που σημαίνει απευθείας υποβιβασμό) κρίθηκε σε αγώνα μπαράζ: Απόλλων Κέλλης - Αίαντας Αμμοχωρίου 0-0 (3-0 πεν)[4] Υποβιβάστηκε, πάντως, και ο Απόλλων Κέλλης καθώς η πρωταθλήτρια ΕΠΣΦ δεν ανήλθε στη Γ΄ Εθνική.
Στο θεσμό του κυπέλλου συμμετέχουν τα σωματεία της Ε.Π.Σ. Φλώρινας. Η διοργάνωση ολοκληρώθηκε στις 10 Φεβρουαρίου 2016 με τον τελικό. Το κύπελλο κατέκτησε η εκπρόσωπος του νομού στη Γ΄ Εθνική, «Θύελλα Φιλώτα» επικρατώντας με 1-0 στην παράταση του μετέπειτα πρωταθλητή ΕΠΣΦ «Μακεδονικού Αγίου Παντελεήμονα».[8]