Ο θεσμός του κυπέλλου, αποτελεί ταυτόχρονα την πρώτη φάση του Κυπέλλου Ερασιτεχνών της ΕΠΟ. Η ομάδα που ανακηρύσσεται κυπελλούχος ΕΠΣ Σάμου, αποκτά το δικαίωμα συμμετοχής στο Κύπελλο Ερασιτεχνών.[1]
8 ομάδες (Λαίλαπας, Κεραυνός, Κουρσάρος, Αναγέννηση, Άγιος Αθανάσιος, Κέρκης, Αρίσταρχος, Φοίνικας)
Α΄ Κατηγορία
9 συνολικά ομάδες συμμετέχουν, χωρισμένες σε 2 ομίλους των 5 και 4 ομάδων. Οι πρώτοι κάθε ομίλου θα αγωνιστούν στον τελικό πρωταθλήματος στις 9 Απριλίου 2016[3] για την ανάδειξη του Πρωταθλητή. οι τελευταίοι των 2 ομίλων θα αγωνιστούν σε αγώνα κατάταξης για να κριθεί η μία ομάδα που θα υποβιβαστεί στην Β΄ Κατηγορία.
Ο τελικός μεταξύ των πρωταθλητών των 2 ομίλων έγινε στις 9 Απριλίου 2016[4]. Πρωταθλητής ανακηρύχθηκε ο Πυθαγόρας[5]
Ομάδα 1
Σκορ
Ομάδα 2
Α.Ψ.Ε.Σ. Πυθαγόρας Κοντακαίικων
3-2
Α.Ε. Βαθύλλου Πανσαμιακού
Μπαράζ Παραμονής
Ο αγώνας έγινε στις 10 Απριλίου 2016[4] και η ομάδα της Ικαρίας κέρδισε την παραμονή επί των «Φοιτητών» στα πέναλτι.[6]
Ομάδα 1
Σκορ
Ομάδα 2
Α.Π.Σ. Φοιτητών Σχολής Θετικών Επιστημών
2-2 (2-4 πεν.)
Π.Α.Σ. Ίκαρος Αγίου Κηρύκου
Β΄ Κατηγορία
Με τη συμμετοχη 8 ομάδων ξεκίνησε η Β' κατηγορία της ΕΠΣ Σάμου. οι 2 πρώτες ομάδες θα ανεβούν κατηγορία. Πρωταθλήτρια Β΄ κατηγορίας είναι ο «Κεραυνός Πλατάνου» και στη δεύτερη προνομιούχο θέση τερμάτισε ο σύλλογος «Λαίλαψ Χώρας».
Στο θεσμό του κυπέλλου συμμετέχουν τα σωματεία της Α' Ε.Π.Σ. Σάμου υποχρεωτικά και της Β' προαιρετικά[7]. Η διοργάνωση ολοκληρώθηκε στις 17 Φεβρουαρίου του 2016 με τον τελικό. Το κύπελλο κατέκτησε ο Α.Ψ.Ε.Σ. Πυθαγόρας.