Η πρωταθλήτρια της ΕΠΣ Κιλκίς έχει τη δυνατότητα να κερδίσει την άνοδο στη Γ΄ Εθνική ερασιτεχνική κατηγορία.Η ομάδα που ανακηρύσσεται κυπελλούχος ΕΠΣ Κιλκίς, αποκτά το δικαίωμα συμμετοχής στο Κύπελλο Ελλάδος.
Η δομή του πρωταθλήματος της Ε.Π.Σ. Κιλκίς είναι η εξής:[1]
Α1 Κατηγορία
Α΄ Κατηγορία
Β΄ Κατηγορία
Ανατολικός Όμιλος
Δυτικός Όμιλος
Α1 Κατηγορία
Στην κορυφαία κατηγορία της ΕΠΣ Κιλκίς συμμετείχαν 13 σύλλογοι, καθώς ο Ερμής Τερπύλλου απέσυρε τη συμμετοχή του[2] και αγωνίστηκε τελικά στην Α΄ Κατηγορία.
Πρωταθλήτρια ΕΠΣ Κιλκίς για την περίοδο 2018-19 ανακηρύχθηκε η ομάδα του Κιλκισιακού.
Με 16 συνολικά ομάδες και σε δυο oμίλους διεξήχθη η Β΄ κατηγορία. Οι πρωταθλήτριες των ομίλων, έπειτα από τη διεξαγωγή τριών γύρων, προβιβάστηκαν στην Α΄ κατηγορία της επόμενης περιόδου.
Στο θεσμό του κυπέλλου συμμετέχουν τα σωματεία της Ε.Π.Σ. Κιλκίς. Η διοργάνωση ολοκληρώθηκε στις 10 Μαρτίου 2019[3] με τον τελικό όπου ο Αλέξανδρος Κιλκίς επικράτησε του ΠΑΟΝΕ Επταλόφου και κατέκτησε το κύπελλο.