Η πρωταθλήτρια ομάδα της ΕΠΣ Θεσσαλίας κερδίζει την άνοδο στη Γ΄ Εθνική ερασιτεχνική κατηγορία.
Ο θεσμός του κυπέλλου, αποτελεί ταυτόχρονα την πρώτη φάση του Κυπέλλου Ερασιτεχνών της ΕΠΟ. Η ομάδα που ανακηρύσεται κυπελλούχος ΕΠΣ Θεσσαλίας, αποκτά το δικαίωμα συμμετοχής στο Κύπελλο Ερασιτεχνών.[1]
Για την περίοδο 2016–17, η δομή του πρωταθλήματος της Ε.Π.Σ. Θεσσαλίας είναι η εξής:[2]
Α΄ Κατηγορία (16 ομάδες)
Β΄ Κατηγορία
1ος Όμιλος (12 ομάδες)
2ος Όμιλος (12 ομάδες)
Σε σχέση με την προηγούμενη περίοδο είχαμε τη μή δήλωση συμμετοχής τη Δύναμης Βόλου, την επανενεργοποίηση του Ηρακλή Αγίων θεοδώρων ,την πρώτη εμφάνιση σε ανδρικό πρωτάθλημα του συλλόγου του Βόλου «Αγία Άννα» και τη «διάσπαση» της ένωσης των συλλόγων Αγροτικού Αϊδινίου και ΑΣ Μικροθηβών. Τέλος ο Πύρασος Νέας Αγχιάλου επανήλθε στο τοπικό πρωτάθλημα μετά την παρουσία του στη Γ΄ Εθνική.
Α΄ Κατηγορία
Η κορυφαία κατηγορία διεξάγεται με τη συμμετοχή 16 συλλόγων σε έναν όμιλο. Οι δυο τελευταίοι υποβιβάζονται στη Β΄ Κατηγορία , ενώ θα υποβιβαστούν επιπλέον ομάδες αν κάποιοι από τους συλλόγους-μέλη της ΕΠΣΘ που συμμετέχουν στο πρωτάθλημα της Γ΄ Εθνικής υποβιβαστούν από αυτή. [2]
Πρωταθλήτρια ανακηρύχθηκε η ομάδα του ΓΣ Αλμυρού που προβιβάστηκε στη Γ΄ Εθνική και υποβιβάστηκαν οι Απόλλων Καναλιών και ΑΕ Διμηνίου η οποία αποχώρησε στα μέσα της περιόδου.
Η Β΄ Κατηγορία διεξάγεται σε δυο ομίλους των 12 ομάδων ο καθένας. Οι δυο πρώτοι κάθε ομίλου και ο νικητής του αγώνα κατάταξης των 2ων κερδίζουν την άνοδο στην Α΄ Κατηγορία της επόμενης περιόδου.[2]
Πρωταθλητής Β΄ κατηγορίας ανακηρύχθηκε ο Μαγνησιακός[3]. Την άνοδο κέρδισαν οι Άνθιμος Γαζής Μηλιών και Μαγνησιακός ως πρώτοι των ομίλων τους[4] και ο Πηλέας Βόλου που επικράτησε σε αγώνες κατάταξης για τη 2η θέση του 1ου ομίλου αρχικά[5] και για τη 3η θεση της ενιαίας κατάταξης.[6]