Για την περίοδο 2016–17, η δομή του πρωταθλήματος της Ε.Π.Σ. Ηρακλείου είναι η εξής:[1]
Α1 Κατηγορία (1 όμιλος 20 συλλόγων)
Α2 Κατηγορία (1 όμιλος 16 συλλόγων)
Β΄ Κατηγορία
1ος Όμιλος (14 σύλλογοι)
2ος Όμιλος (14 σύλλογοι)
Γ΄ Κατηγορία (15 σύλλογοι)
Α1 Κατηγορία
Η κορυφαία κατηγορία διεξήχθη με τη συμμετοχή 20 συλλόγων σε έναν όμιλο. Πρωταθλήτρια μετά τον μαραθώνιο των 38 αγωνιστικών αναδείχθηκε η ομάδα του Ηρόδοτου, η οποία μάλιστα κατέκτησε και το Κύπελλο ΕΠΣΗ , αλλά και το Κύπελλο Ερασιτεχνών.
Με τη συμμετοχή 28 συλλόγων χωρισμένων σε 2 ομίλους των 14 ξεκίνησε η Β΄ Κατηγορία. Οι δυο πρώτοι κάθε ομίλου ανεβαίνουν κατηγορία και οι δυο τελευταίοι υποβιβάζονται στη Γ΄.
Θ
Ομάδα
Αγ
Β
1.
Α.Π.Σ. Τριτωνία Αστριτσίου
26
68
2.
Α.Σ. Ηρακλής Νιπιδιτού
26
66
3.
Α.Ο. Πόρου
26
64
4.
Κανάρια Εργοτέλη
26
54
5.
Α.Ο. Βόνης
26
44
6.
Α.Σ. Διαγόρας Ανωπόλεως
26
42
7.
Α.Σ. Εθνικός Ηρακλείου
26
37
8.
Α.Σ. Μοχού
26
31
9.
Α.Ο. Ερμής Ατσαλένιου
26
23
10.
Α.Σ. Πήγασος Εμπάρου
26
22
11.
Α.Ο. Χαραυγή Ν. Αλικαρνασσού
26
20
12.
Π.Α.Ο. Γουβών
26
19
13.
Α.Ο. Γαρίπας
26
18
14.
ΝΑ.Π.Ο. Ποσειδών Ηρακλείου
26
12
Θ
Ομάδα
Αγ
Β
1.
Α.Ο. Ασημίου
26
62
2.
Α.Ο. Δίας
26
56
3.
Α.Ο. Μεταξοχωρίου
26
49
4.
Ο.Φ.Η. 94
26
48
5.
Φ.Σ. Κόρακας Πομπίας
26
44
6.
Π.Α.Ο. Δειλινών
26
44
7.
Α.Ο. Δόξα Μασταμπά Ηρακλείου
26
42
8.
Α.Σ. Παλιανή 2008
26
39
9.
Α.Σ. Ολυμπιακός Μαλεβιζίου
26
33
10.
Νέοι Μινωικής
26
24
11.
Α.Ο. Πυργιώτισσα Τυμπακίου
26
23
12.
Α.Σ. Νέοι Αλμυρού/Αθλόπολις
26
22
13.
Α.Σ. Αναγέννηση Δυτ. Προαστείων
26
12
14.
Α.Ε. Καμηλαρίου
26
11
Γ΄ Κατηγορία
Με 15 ομάδες διεξάγεται η Γ΄ Κατηγορία. Οι 4 πρώτες ομάδες θα αγωνίζονται στη Β΄ κατηγορία την επόμενη περίοδο.