Ο θεσμός του κυπέλλου, αποτελεί ταυτόχρονα την πρώτη φάση του Κυπέλλου Ερασιτεχνών της ΕΠΟ. Η ομάδα που ανακηρύσσεται κυπελλούχος ΕΠΣ Βοιωτίας, αποκτά το δικαίωμα συμμετοχής στο Κύπελλο Ερασιτεχνών.[1]
Η δομή του πρωταθλήματος της Ε.Π.Σ. Βοιωτίας είναι η εξής:[2]
Α΄ Κατηγορία (15 ομάδες)
Β΄ Κατηγορία
1ος Όμιλος (12 ομάδες)
2ος Όμιλος (12 ομάδες)
Α΄ Κατηγορία
Η κατηγορία διεξάγεται με τη συμμετοχή 15 συλλόγων και με τη μορφή πρωταθλήματος διπλών αγώνων. Ο Νέος ΠΑΟΚ Κυριακίου δήλωσε συμμετοχή στη Β΄ Κατηγορία και ο ΑΟ Πλαταιών αν και πρωταθλητής του 2ου ομίλου της Β΄ της προηγούμενης περιόδου δε δήλωσε συμμετοχή. Η μοναδική ομάδα που δέχτηκε να αναπληρώσει τα κενά ήταν ο ΑΟ Μαυροματίου , αν και είχε τερματίσει τελευταία στον όμιλο της στη Β΄ Κατηγορία.[3]
Μετά τη λήξη της κανονικής περιόδου των 30 αγωνιστικών (28 αγώνες κάθε ομάδα) η πρώτη σε βαθμούς ομάδα ανακηρύσσεται Πρωταθλήτρια, ενώ οι τρεις τελευταίες ομάδες υποβιβάζονται στην Β΄ Κατηγορία (δύο αν η πρωταθλήτρια ΕΠΣΒ ανέλθει στη Γ΄ Εθνική). Τον τίτλο της περιόδου 2015-16 κατέκτησε ο Α.Ο. Θήβα