Το όνομα του χωριού προέρχεται από το όνομα της αρχαίας πόλης Μιλάτου. Η Μίλατος αναφέρεται στην Ιλιάδα, όπου αναγράφεται ότι, η ίδια, έστειλε πολεμιστές με αρχηγό τον Ιδομενέα. Ο Στράβων αναφέρει ότι είναι η μητρόπολη της Μιλήτου[1], την οποία αποίκησε, σύμφωνα με το Στράβωνα, ο αδελφός του Μίνωα, Σαρπηδών. Η Μίλατος καταστράφηκε από την πρώην σύμμαχό της, Λύττο. Η θέση της αρχαίας πόλης δεν είναι επ' ακριβώς γνωστή. Ο Στέφανος Ξανθουδίδης ανέσκαψε το 1919 μερικούς τάφους της υστερομινωικής εποχής ΙΙΙ (1300-1220 π.Χ.).[3]
Η παλαιότερη μνεία του σημερινού οικισμού γίνεται σε έγγραφο του Δουκικού Αρχείου του Χάνδακα του 1368, όπου αναφέρεται ως Milato, φέουδο τότε του Φρανσίσκου Ντόντο. Στην απογραφή του 1583 αναφέρεται ως Milato με 287 κατοίκους. Στην αιγυπτιακή απογραφή του 1834 είχε 35 χριστιανικές οικογένειες. Στην απογραφή του 1881 αναφέρεται στο δήμο Βραχασίου, με 431 κατοίκους, όλοι χριστιανοί. Το 1971 αναγνωρίστηκε ο οικισμός Παραλία Μιλάτου, ο οποίος γνωρίζει γρήγορη ανάπτυξη.[3]
Η Μίλατος είναι γνωστή κυρίως από το ιστορικό Σπήλαιο της Μιλάτου. Κατά την επανάσταση των Κρητών εναντίον των οθωμανών (1823) είχαν κρυφτεί στο σπήλαιο δύο χιλιάδες γυναικόπαιδα. Ο τουρκοαιγυπτιακός στρατός ανακάλυψε το σπήλαιο με τα γυναικόπαιδα, οπότε και επήλθε φοβερή σφαγή ενώ όσοι έμειναν ζωντανοί πουλήθηκαν ως δούλοι, ενώ σκοτώθηκε και ο αρχηγός των Τούρκων, Χασάν Μπέης, πέφτοντας από το αφηνιασμένο άλογό του. Στην περιοχή δραστηριοποιούνταν διάφορες ελληνικές ένοπλες ομάδες που θα μπορούσαν ίσως να σώσουν τους αμάχους αλλά ήταν απασχολημένες σε λεηλασίες.[5]
↑ 3,03,13,2Σπανάκης, Στέργιος (1993). Πόλεις και χωριά της Κρήτης στο πέρασμα των αιώνων, τόμος Β. Ηράκλειο: Γραφικές Τέχνες Γ. Δετοράκης. σελίδες 537–541.
