Ο Δήμος Σκύδρας διαιρείται σε 2 «δημοτικές ενότητες», οι οποίες αντιστοιχούν στους 2 καταργηθέντες δήμους. Κάθε δημοτική ενότητα διαιρείται σε «κοινότητες», οι οποίες αντιστοιχούν στα διαμερίσματα των καταργηθέντων ΟΤΑ. Οι σημερινές τοπικές κοινότητες του Δήμου, ήταν αυτόνομες κοινότητες και δήμοι πριν την εφαρμογή του προγράμματος Καποδίστρια.
Πιο συγκεκριμένα (με αστερίσκο σημαίνονται οι έδρες των δημοτικών ενοτήτων, σε αγκύλες ο πληθυσμός σύμφωνα με την απογραφή του 2021):
Σκύδρας
Η δημοτική ενότητα Σκύδρας είναι ο παλαιός καποδιστριακός δήμος Σκύδρας πριν την επέκταση. Έχει έκταση 120,963 τ.χλμ και συνολικό (πραγματικό) πληθυσμό 14.353 κατοίκους σύμφωνα με την απογραφή του 2021.
Περιλαμβάνει τις παρακάτω δημοτικές κοινότητες (πρώην δημοτικά διαμερίσματα) και οικισμούς:
Η δημοτική ενότητα (πρώην δήμος) Μενηίδος έχει έκταση 118,562 τ.χλμ (ή 118.562 στρέμματα) και συνολικό (πραγματικό) πληθυσμό 3.972 κατοίκους σύμφωνα με την απογραφή του 2021. Έδρα του πρώην δήμου, που λειτούργησε την περίοδο 1999-2010, ήταν η Καλή και η ονομασία Μενηίδα, προήλθε από την αρχαία ομώνυμη πόλη.
Περιλαμβάνει τις παρακάτω δημοτικές κοινότητες και οικισμούς: