Στο πρωτάθλημα της Γ΄ κατηγορία την περίοδο 1989-90 συμμετείχαν 14 ομάδες. Οι ομάδες αναμετρήθηκαν αναμεταξύ τους από δύο φορές, μία εντός και μία εκτός έδρας. Πρωταθλήτρια ανακηρύχτηκε η ομάδα που συγκέντρωσε τους περισσότερους βαθμούς. Η πρωταθλήτρια ομάδα και η ομάδα που τερμάτισε στη δεύτερη θέση προβιβάστηκαν στην Β΄ κατηγορία 1990–91. Οι τρεις τελευταίες ομάδες υποβιβάστηκαν στη Δ΄ κατηγορία 1990–91.
Σύστημα βαθμολόγησης
Η νίκη βαθμολογείτο με 2 βαθμούς και η ισοπαλία με 1 βαθμό ενώ η ήττα δεν έδινε κανένα βαθμό.