Στο πρωτάθλημα της Γ΄ κατηγορία την περίοδο 1985-86 συμμετείχαν 14 ομάδες. Οι ομάδες αναμετρήθηκαν αναμεταξύ τους από δύο φορές, μία εντός και μία εκτός έδρας. Πρωταθλήτρια ανακηρύχτηκε η ομάδα που συγκέντρωσε τους περισσότερους βαθμούς. Η πρωταθλήτρια ομάδα και οι ομάδες που τερμάτισαν στη δεύτερη θέση και τρίτη θέση προβιβάστηκαν στην Β΄ κατηγορία 1986-87.
Αν και η προκήρυξη προνοούσε τον υποβιβασμό τριών ομάδων στη Δ΄ κατηγορία 1986-87 (αρχικά υποβιβάστηκαν ΑΣΟ Ορμήδειας. Ελπίδα Ξυλοφάγου και ΑΕΚ Κυθρέας), εντούτοις λόγω της παράτυπης μετεγγραφής του Γιώργου Γκαβασιάδη από τον Πανιώνιο στον Απόλλωνα (για το πρωτάθλημα Α΄ κατηγορίας 1985-86) που είχε ως αποτέλεσμα πολλές ομάδες να υποβάλλουν ένταση κατά του κύρους του αγώνα τους με τον Απόλλων η ΚΟΠ, προκειμένου να λύσει το πρόβλημα που είχε δημιουργηθεί, αποφάσισε μετά την ολοκλήρωση του πρωταθλήματος, να μην ισχύσει ο υποβιβασμός σε καμία κατηγορία της.[2][3][4][5]
Σύστημα βαθμολόγησης
Η νίκη βαθμολογείτο με 2 βαθμούς και η ισοπαλία με 1 βαθμό ενώ η ήττα δεν έδινε κανένα βαθμό.
Στο πρωτάθλημα θα συμμετείχαν ο πρωταθλητής (ΑΠΕΫ Ύψωνα) και η δευτεραθλήτρια (ΑΕΚ Καθολικής) του πρωταθλήματος πρωταθλητριών ΣΤΟΚ. Ωστόσο, η γενική συνέλευση της ΚΟΠ έκρινε ότι η ΑΠΕΫ Ύψωνα δεν πληρούσε τους κανονισμούς για ένταξη στη Γ΄ κατηγορία ενώ μπορούσε να ενταχθεί στη νεοϊδρυθείσα Δ΄ κατηγορία, πράγμα που έγινε. Στη Γ΄ κατηγορία εντάθηκε μόνο η ΑΕΚ Καθολικής.[6]