Στο πρωτάθλημα της Γ΄ κατηγορία την περίοδο 1978-79 συμμετείχαν 10 ομάδες. Οι ομάδες αναμετρήθηκαν αναμεταξύ τους από δύο φορές, μία εντός και μία εκτός έδρας. Πρωταθλήτρια ανακηρύχτηκε η ομάδα που συγκέντρωσε τους περισσότερους βαθμούς. Η πρωταθλήτρια ομάδα προβιβάστηκε στην Β΄ κατηγορία 1979-80. Η τελευταία ομάδα υποβιβάστηκε στα αγροτικά πρωταθλήματα.
Σύστημα βαθμολόγησης
Η νίκη βαθμολογείτο με 2 βαθμούς και η ισοπαλία με 1 βαθμό ενώ η ήττα δεν έδινε κανένα βαθμό.