Μετά το θάνατο της νύφης της Ισαβέλλας της Πάρμας, η Ιωσηφίνα ήταν η πιο σημαντική γυναίκα της Αυλής μετά τη μητέρα της, Μαρία Θηρεσία, και την αδελφή της Μαρία Αμαλία Έχασε τη θέση αυτή τον Μάιο του 1767, όταν ο μεγάλος αδελφός της, Ιωσήφ παντρεύτηκε μια δεύτερη ξαδέρφη, τη Μαρία Ιωσηφίνα της Βαυαρίας.
Η αυτοκράτειρα Μαρία Θηρεσία ήθελε να παντρέψει την τέταρτη μεγαλύτερη κόρη της, την Μαρία Αμαλία, με τον Φερδινάνδο της Σικελίας και της Νάπολης για πολιτικούς λόγους. Αφού ο πατέρας του Φερδινάνδου, Κάρολος Γ΄ της Ισπανίας, διαμαρτυρήθηκε για την πενταετή διαφορά ηλικίας, η Μαρία Ιωσηφίνα, ως η επόμενη μεγαλύτερη κόρη, έμεινε η προφανής υποψήφια για νύφη του Φερδινάνδου[3]. Η ίδια και ο Φερδινάνδος ήταν συνομήλικοι, ενώ η Μαρία Ιωσηφίνα θεωρήθηκε "απολαυστικά όμορφη και φιλική", και η αγαπημένη του αδελφού της Ιωσήφ.[3]
Η Μαρία Ιωσηφίνα φοβόταν ότι θα πεθάνει από ευλογιά από το θάνατο της μεγαλύτερης αδελφής της Ιωάννας Γαβριέλλας το 1762. Οι φόβοι της πραγματοποιήθηκαν όταν πέθανε από την ευλογιά την ίδια μέρα που έφευγε από τη Βιέννη για να παντρευτεί τον Φερδινάνδο. Η λαϊκή πεποίθηση υποστηρίζει ότι κόλλησε ευλογιά γιατί η μητέρα της, Μαρία Θηρεσία, επέμενε να προσευχηθεί στον ακατάλληλα σφραγισμένο τάφο της νύφης της, Μαρίας Ιωσηφίνας της Βαυαρίας (που είχε πεθάνει πρόσφατα από την ασθένεια) καθώς είχαν το ίδιο όνομα[3]. Ωστόσο, το εξάνθημα εμφανίστηκε δύο ημέρες μετά την επίσκεψη της Ιωσηφίνας στον τάφο και υπάρχει μια περίοδος περίπου μιας εβδομάδας μετά την αρχική μόλυνση προτού εμφανιστούν συμπτώματα της ασθένειας. Ως εκ τούτου, η Αρχιδούκισσα πρέπει να είχε μολυνθεί πριν επισκεφθεί το θησαυροφυλάκιο.[4]
Είναι θαμμένη στην Αυτοκρατορική Κρύπτη της Βιέννης. Μετά το θάνατό της, η αδερφή της Μαρία Καρολίνα δόθηκε ως νύφη στο Βασιλιά της Νάπολης στη θέση της.[5]
