Το πρωτάθλημα της περιόδου 1999-2000 ήταν το 41ο που διεξήχθη σε μορφή εθνικής κατηγορίας και το 21ο από καταβολής του επαγγελματικού ποδοσφαίρου. Το κατέκτησε ο Ολυμπιακός για τέταρτη συνεχόμενη χρονιά και 29η στην ιστορία του, τερματίζοντας τέσσερις βαθμούς μπροστά από τον δεύτερο Παναθηναϊκό . Λόγω της επικείμενης μείωσης των ομάδων από 18 σε 16 από την επόμενη περίοδο, υποβιβάστηκαν τέσσερις ομάδες στη Β΄Εθνική.
Θεωρείται ένα από τα καλύτερα και πιο θεαματικά πρωταθλήματα στην ιστορία της Α΄ εθνικής. Ο πρωταθλητής Ολυμπιακός είχε 30 νίκες, 2 ήττες και 2 ισοπαλίες, ενώ ο δεύτερος Παναθηναϊκός, που παρουσίασε μια άκρως επιθετική και ανταγωνιστική ομάδα με προπονητή τον Γιάννη Κυράστα , τερμάτισε πολύ κοντά με 28 νίκες, 2 ήττες και 4 ισοπαλίες.
Ολυμπιακός
Προπονητές : Ντούσαν Μπάγεβιτς (1η-6η αγ.), Γιάννης Μαντζουράκης (27η-34η αγ.).Ποδοσφαιριστές : (Σε παρένθεση συμμετοχές/τέρματα)
Τερματοφύλακες: Γιάννου (δεν αγωνίστηκε), Ελευθερόπουλος (32), Τοχούρογλου (3).
Αμυντικοί: Αμανατίδης (30/3), Αμπονσά (5), Ανατολάκης (25/1), Άντζας (16/1), Καραταΐδης (17), Κωστούλας (17), Μαυρογενίδης (32), Πουρσαϊτίδης (14), Τζιωρτζιόπουλος (10).
Μέσοι: Γιαννακόπουλος (29/10), Ζάχοβιτς (14/7), Καραπιάλης (14/6), Λουτσιάνο (15/7), Νινιάδης (26/3), Πασσαλής (27), Πουρσανίδης (32), Σφακιανάκης (2), Τζόρτζεβιτς (30/12).
Επιθετικοί: Αλεξανδρής (29/15), Γκόγκιτς (22/4), Οφορίκουε (4/1), Τζιοβάνι (14/8), Χούτος (13/7).
Οι έδρες των ομάδων της Α΄ Εθνικής κατηγορίας την περίοδο 1999–2000.
Οι έδρες των ομάδων της Αττικής.
Θέση
Ομάδα
Σύνολο
Εντός
Εκτός
Βαθ. Αγ. Ν Ι Η Τέρματα
δ/τ Ν Ι Η Τέρματα
Ν Ι Η Τέρματα
1
Ολυμπιακός 92
34
30
2
2
86 – 18
+68
16
1
0
54 – 90
14
1
2
32 – 90
2
Παναθηναϊκός 88
34
28
4
2
92 – 24
+68
16
1
0
54 – 80
12
3
2
38 – 16
3
ΑΕΚ 66
34
20
6
8
69 – 39
+30
13
0
4
41 – 16
7
6
4
28 – 23
4
ΟΦΗ 63
34
18
9
7
60 – 44
+16
11
3
3
36 – 24
7
6
4
24 – 20
5
ΠΑΟΚ 55
34
15
10
9
64 – 44
+20
10
4
3
40 – 18
5
6
6
24 – 26
6
Ηρακλής 50
34
15
5
14
58 – 58
0
13
0
4
39 – 22
2
5
10
19 – 36
7
Άρης 50
34
14
8
12
50 – 46
+4
9
5
3
31 – 17
5
3
9
19 – 29
8
Πανιώνιος 45
34
14
3
17
50 – 63
-13
8
3
6
27 – 24
6
0
11
23 – 39
9
Καλαμάτα 44
34
12
8
14
41 – 57
-16
6
8
3
22 – 16
6
0
11
19 – 41
10
Ιωνικός 41
34
10
11
13
40 – 50
-10
8
6
3
26 – 14
2
5
10
14 – 36
11
Εθνικός Αστέρας 41
34
12
5
17
33 – 50
-17
10
3
4
27 – 17
2
2
13
0 6 – 33
12
Skoda Ξάνθη 41
34
11
8
15
36 – 43
-7
10
4
3
26 – 11
1
4
12
10 – 32
13
Πανηλειακός 40
34
12
4
18
44 – 48
-4
9
1
7
28 – 21
3
3
11
16 – 27
14
Παναχαϊκή 39
34
9
12
13
37 – 47
-10
8
3
6
24 – 17
1
9
7
13 – 30
15
Καβάλα 30
34
8
6
20
33 – 66
-33
7
3
7
21 – 28
1
3
13
12 – 38
16
Προοδευτική 28
34
7
7
20
27 – 55
-28
6
6
5
15 – 17
1
1
15
12 – 38
17
Απόλλων Αθηνών 24
34
6
6
22
30 – 59
-29
4
4
9
19 – 27
2
2
13
11 – 32
18
Τρίκαλα 21
34
5
6
23
35 – 74
-39
3
5
9
20 – 29
2
1
14
15 – 45
Το σύστημα βαθμολογίας ήταν: Νίκη: 3 βαθμοί - Ισοπαλία: 1 βαθμός - Ήττα: 0 βαθμοί
Εντός/Εκτός
ΑΕΚ
ΑΠΑ
ΑΡΗΣ
ΕΘΑΣ
ΙΩΝ
ΗΡΑ
ΚΑΛ
ΚΑΒ
ΟΦΗ
ΟΣΦΠ
ΠΝΧ
ΠΑΟ
ΠΝΛ
ΠΑΝ
ΠΑΟΚ
ΠΡΟ
ΞΑΝ
ΤΡΙ
ΑΕΚ 3-0 2-0 2-1 5-1 3-2 6-1 3-0 1-2 0-2 3-0 1-2 1-0 0-1 2-0 3-2 4-1 2-1
Απόλλων Αθηνών 3-2 3-3 0-1 0-2 1-0 1-2 0-2 1-2 0-1 0-0 0-3 0-0 2-1 3-4 0-2 0-0 5-2
Άρης 1-1 2-1 1-1 1-1 2-1 6-1 1-0 3-1 0-1 2-0 0-2 2-1 5-1 0-0 2-1 0-1 3-3
Εθνικός Αστέρας 1-3 3-1 1-0 1-2 3-1 2-0 1-0 0-1 1-1 2-2 1-2 3-1 4-2 1-1 1-0 1-0 1-0
Ιωνικός 1-1 1-0 2-2 3-0 1-1 0-1 2-0 1-1 1-2 0-0 2-2 0-2 2-0 1-0 2-0 2-1 5-1
Ηρακλής 3-1 1-0 2-0 2-0 3-2 2-1 2-1 0-3 3-4 2-1 1-3 3-1 1-2 3-1 4-0 3-1 4-1
Καλαμάτα 1-1 1-1 5-2 1-0 2-0 2-2 3-2 0-0 0-1 1-1 0-0 2-1 1-3 1-1 2-0 0-0 0-1
Καβάλα 0-2 1-3 1-0 2-0 0-0 3-1 0-1 0-1 0-5 0-0 1-4 2-1 3-7 1-1 2-1 1-0 4-1
ΟΦΗ 1-2 1-0 2-1 4-1 2-0 1-1 3-2 2-2 2-1 2-2 3-4 3-2 0-2 2-0 4-3 2-1 2-0
Ολυμπιακός 3-0 2-0 2-0 5-0 2-0 1-0 4-1 5-0 2-0 5-1 2-2 2-1 5-0 4-1 4-0 3-2 3-1
Παναχαϊκή 1-1 1-2 1-2 2-0 1-1 0-1 1-2 3-2 3-1 0-2 1-0 2-0 1-0 1-2 2-0 1-1 3-0
Παναθηναϊκός 1-0 5-0 3-0 4-0 5-0 3-0 5-0 3-0 3-2 2-0 7-1 3-1 2-1 1-1 3-1 2-1 2-0
Πανηλειακός 0-1 2-1 1-2 2-0 3-0 4-3 3-1 2-0 1-2 0-3 0-0 0-1 3-0 0-4 4-0 2-0 1-3
Πανιώνιος 0-2 3-1 1-3 1-0 2-0 2-2 2-0 1-1 1-4 0-1 2-1 0-4 1-2 1-1 2-1 4-0 4-1
ΠΑΟΚ 4-4 1-1 3-2 2-0 3-0 4-0 4-2 5-0 2-2 0-2 1-1 1-3 0-1 2-0 1-0 5-0 2-0
Προοδευτική 1-4 2-0 0-1 1-0 2-2 0-1 1-2 1-1 0-0 0-3 2-2 1-0 1-1 1-0 1-0 0-0 1-0
Ξάνθη 2-2 2-0 0-0 0-0 2-1 3-0 1-0 1-0 1-1 0-1 1-0 1-3 1-0 5-0 1-2 2-1 3-0
Τρίκαλα 0-1 1-0 0-1 1-2 2-2 3-3 0-2 3-1 1-1 0-2 0-1 1-3 1-1 2-3 3-5 0-0 2-1
Για την έκτη θέση του πρωταθλήματος που εξασφάλιζε συμμετοχή στο κύπελλο UEFA της επόμενης περιόδου ορίστηκαν αγώνες μπαράζ, στους οποίους επικράτησε ο Ηρακλής που διατηρούσε και το πλεονέκτημα έδρας.
