Yvonne Gilli absolvierte nach der obligatorischen Schulzeit eine dreijährige Ausbildung als Pflegefachfrau. Anschliessend holte sie die Matura auf dem zweiten Bildungsweg nach und studierte danach Medizin. Parallel zum Studium bildete sie sich in klassischer Homöopathie und Traditioneller Chinesischer Medizin weiter. Seit 1996 arbeitet sie in ihrer eigenen Praxis als Fachärztin für Gynäkologie und bietet zusätzlich Komplementärmedizin an.
Von 2016 bis 2020 war Gilli Mitglied im Zentralvorstand der Verbindung der Schweizer Ärztinnen und Ärzte (FMH) und dort zuständig fürs Dossier «Digitalisierung». 2020 wurde sie als erste Frau zur Präsidentin der FMH gewählt, ihr Amt trat sie am 1. Februar 2021 an und löste Jürg Schlup ab, der nicht mehr zur Wiederwahl antrat.[1]
Sie ist verheiratet, hat drei Kinder und wohnt in Wil.