Eine Frauenfußball-Abteilung wurde erstmals im Jahr 1975 ins Leben gerufen. Vorausgegangen war der Vereinswechsel der Spielerinnen der SpVgg Wiehre 04, in der abgelaufenen Spielzeit noch Gewinner der Meisterschaft im Regionalverband Südbaden. Erste Abteilungsleiterin wurde Doris Klein, die als Spielführerin von Wiehre zuvor auch den möglichen Übertritt ihrer Mannschaft beim damaligen Freiburger Präsidenten Achim Stocker angefragt hatte. Zunächst spielte man auf Bezirksebene, ab 1978 gehörte man dann der neu gegründeten Damenliga an. Die Mannschaft wurde fünfmal südbadischer Meister, kam in der Endrunde um die deutsche Meisterschaft allerdings nie über das Viertelfinale hinaus. Bedingt durch den Wechsel eines Großteils der Mannschaft zurück zur SpVgg Wiehre, die sich ihrerseits für die Damenliga qualifiziert hatte, wurde die Abteilung 1985 aufgelöst. Als der Vorstand der Spielvereinigung sechs Jahre später bereits vor Beginn der Aufstiegsrunde zur Bundesliga, für die man sich qualifiziert hatte, den Verzicht auf einen möglichen Austieg bekannt gab, wechselten die Spielerinnen von Wiehre abermals zum SC, der am 1. Juli 1991 seine Frauenfußball-Abteilung neu gründete.
Nach mehreren vergeblichen Anläufen gelang 1998 der Sprung in die Bundesliga, doch konnte die Klasse dort nicht gehalten werden. Zwei Jahre später schaffte man den Wiederaufstieg. Seitdem konnten sich die SC-Frauen in der Bundesliga etablieren und belegten in der Regel sichere Mittelfeldplätze. 2002 wurde die deutsche U-19-Nationalmannschaft mit der Freiburgerin Alexandra Stegmann Europameister, 2004 mit der Freiburgerin Melanie Behringer Weltmeister, 2006 mit der Freiburgerin Juliane Maier und 2007 mit Susanne Hartel wieder Europameister. 2007 wurde Melanie Behringer mit der deutschen A-Nationalmannschaft Weltmeisterin. Am Ende der Saison 2009/10 stiegen die Sport-Club-Frauen mit nur vier Siegen aus 22 Partien und drei Punkten Rückstand in die Zweite Bundesliga ab. In der folgenden Spielzeit der 2. Bundesliga Süd war der direkte Wiederaufstieg bereits nach dem 19. Spieltag und dem 18. Saisonsieg sicher.
In der Folge gelang es den Freiburgerinnen erneut sich in der Bundesliga zu etablieren, wobei sie viermal nacheinander einen soliden Mittelfeldplatz erreichten. Nach zwei vierten Plätzen in den beiden vorangegangenen Spielzeiten wurde die Saison 2017/18 schließlich auf Rang drei beendet, was die bisher beste Platzierung in der Geschichte darstellt. In der Folgesaison gelang der Einzug ins Finale des DFB-Pokals, wo man dem VfL Wolfsburg mit 0:1 unterlag.
Nach mehreren Platzierungen im Mittelfeld der Tabelle erreichte das Team in der Saison 2022/23 unter der neuen Trainerin Theresa Merk erneut das Pokalfinale, wo man dem VfL Wolfsburg mit 1:4 unterlag. Im Eröffnungsspiel der Saison 2023/24 gegen den FC Bayern München setzte der Sport-Club mit 13.234 Zuschauern einen neuen vereinsinternen Rekord.[1]
Stadien
Von der Saison 2000/01 an spielte die Mannschaft im Stadion am Bergmattenhof in Sexau und ab der Saison 2006/07 zwei Jahre im Freiburger Weststadion. Zur Saison 2008/09 zog man in das vereinseigene Möslestadion um, das das viertkleinste Stadion der Frauen-Bundesliga war. Als Trainingsstätte diente bis Februar 2022 das Schönbergstadion des SV Blau-Weiß Wiehre Freiburg; die zweite Frauenmannschaft (U-20), die U-17-Juniorinnen und die U-15-Juniorinnen tragen hier ihre Heimspiele aus.[2][3] Die U-20 wich in den Zweitligasaisons 2022/23 und 2024/25 in das Möslestadion aus.
Seit der Saison 2021/22 spielt und trainiert die erste Mannschaft im Dreisamstadion.[4] Der Sport-Club plant langfristig, auch die Juniorinnenabteilungen in das Dreisamstadion zu verlagern.[5]
