1974 ging er nach Chicago als Assistent des Generalmusikdirektors Sir Georg Solti, wo er zwei Jahre später künstlerischer Betriebsdirektor des Chicago Symphony Orchestra wurde. In seiner elfjährigen Amtszeit arbeitete er mit vielen bekannten Komponisten, Solisten und Dirigenten zusammen. 1984 wurde er zum Generaldirektor der English National Opera ernannt. Ein Jahr später trat er sein Amt an. In seiner Amtszeit verbesserte sich das internationale Ansehen der National Opera durch neue Stücke im Repertoire und die Aufführung von bekannten Stücken für ein breites Publikum.
Am 1. September 1993 wurde Sir Peter Jonas zum Staatsintendanten der Bayerischen Staatsoper. Dieses Amt hatte er bis August 2006 inne. In dieser Zeit erweiterte er das Repertoire unter anderem um viele Barockopern. Außerdem setzte er sich energisch für das Projekt „Oper für alle“ und für Werke zeitgenössischer Komponisten mit vierzehn Uraufführungen ein. Seine Bemühungen galten stets den Hauptzielen der heutigen Oper: Zugänglichkeit und Qualität. Ab 2005 war er Stiftungsratsmitglied der „Oper in Berlin“ und Beiratsmitglied der Technischen Universität München.
Ulrike Hessler und Lothar Schirmer (Hrsg.), Wenn Musik der Liebe Nahrung ist, spielt weiter ... Wunderbare Jahre: Sir Peter Jonas, Zubin Mehta und die Bayerische Staatsoper 1993–2006, München: Schirmer/Mosel 2006