Während dieser Jahre erwuchs in ihm ein stärker werdendes Interesse an kirchlicher Kunst, das sich sowohl in der Lektüre der Bibel als auch im Studium der Paulusbriefe manifestierte. Die so gewonnene neue Einstellung zum Glauben sah er für sich als ideale Verbindung zu seinem Wirken als bildender Künstler, sodass er sich entschloss, um die Aufnahme am Bischöflichen Priesterseminar in Trier zu bitten. Jedoch erhielt er kurze Zeit später einen ablehnenden Bescheid, der ihn als religiöser Künstler, wie er sich nun sah, so schwer traf, dass er am 2. August 1993 durch Suizid starb. Markus Klammer fand seine letzte Ruhestätte auf dem Friedhof in Cochem. Seine Eltern gründeten 1995 eine rechtsfähige Stiftung in Cochem, die sie 2007 in eine von der Speyerer Kulturstiftung getragene Treuhandstiftung umwandeln ließen. Die Intention dieser Stiftung ist die Förderung der Bildhauerei und hier insbesondere die Förderung sakraler Malkunst, die durch Ausstellungen, Stipendien und den Markus-Klammer-Preis weiter unterstützt werden soll.