Johann Jakob Kraft war Sohn eines Landwirts und wuchs auf dem Fressenhof, einem heutigen Ortsteil von Ochtendung, unter einfachen Verhältnissen auf. Den ersten Schulunterricht erhielt er durch den ortsansässigen Pfarrer. Es folgte die weitere Schulbildung von 1820 bis 1824 auf dem Progymnasium, dem heutigen Kurfürst-Salentin-Gymnasium, in Andernach und wurde bis 1827 auf dem Gymnasium in Trier fortgesetzt. Er absolvierte ab Herbst 1827 im Bischöflichen Priesterseminar in Trier das Studium der Philosophie und Theologie. Kraft erhielt am 7. April 1832 die Priesterweihe und arbeitete als Kaplan, zeitweise war er auch Pfarrverwalter in Ochtendung und vertrat seinen als Pfarrer amtierenden Onkel. Die Potentinus-Kapelle[1] auf dem Fressenhof nahe Ochtendung (Kreis Mayen-Koblenz) wurde 1851/1852 von der Familie Kraft errichtet, sie ist heute eine beliebte Heiratskirche.[2] Ebenfalls im Jahr 1852 wurde Johann Jakob Kraft Kaplan in Buchholz (Eifel), danach wurde er 1835 zum Pfarrer von Miesenheim bestellt.
Am 24. September 1868 wurde Kraft zum Titularbischof von Castoria und zum Weihbischof in Trier ernannt. Am 26. August 1882 wurde er Domdechant am Dom zu Trier. Die Bischofsweihe zelebrierte Matthias Eberhard am 22. November 1868. Das Goldene Priesterjubiläum im Jahr 1882 wurde mit der Ernennung zum Römischen Grafen (Comes Romanus) und Päpstlichen Thronassistenten durch Papst Leo XIII. geehrt.
Weihbischof Kraft galt als ein exzellenter Prediger und leitete während der durch den Kulturkampf bedingten Sedisvakanz von 1876 bis 1881 den Bischofssitz in Trier. Während seiner Amtszeit konsekrierte er mehrere Kirchen und Altäre. Die Lebacher Pfarrkirche wurde 1881 völlig abgetragen und bis 1883 neu aufgebaut. Am 1. Oktober 1883 wurden Kirche und Altar durch Weihbischof Johann Jakob Kraft geweiht.[3] Die Burbacher Kirche St. Eligius wurde 1873 durch den Architekten Franz Müller, Saarlouis, erbaut. Konsekriert wurde sie am 28. Oktober 1874 durch Weihbischof Johann Jakob Kraft.[4] Die heutige Pfarrei Sankt Christophorus in Mittelreidenbach wurde in den Jahren 1869/72 ebenfalls vom Architekten Müller aus Saarlouis erbaut. Die Konsekration der Pfarrkirche nahm Weihbischof Johann Jakob Kraft am 18. Juni 1874 vor.[5] Selbst in dieser turbulenten Zeit und der vielen Arbeit weitete er seine schriftstellerischen Tätigkeiten aus. Er verfasste mehrere homiletische Beiträge, seine Dissertationsschrift fand hohe Anerkennung. Er verfasste die Biografien der Trierer Bischöfe Wilhelm Arnoldi und Matthias Eberhard.